余书藏中所收《坛经》不下十余种，其最佳者为明正统四年黑口刻本。每半叶八行，行十六字，字大悦目，元椠本典型尚存，气象静穆可敬。其次则为嘉靖间五台山房刻本。每半叶九行，行十八字，古意犹存，尚为佳帙。兹以两刻本，校勘其异同。正统本之优点，为法海所撰《坛经略序》，尚未改为《六祖大师缘起外纪》，其序文亦未为后人所窜乱。正统本有无名氏《跋》一首，嘉靖本则摘录《跋》中之语，名曰《历朝崇奉事迹》，而删其《跋》。正统本共分九品，曰《悟法传衣第一》；嘉靖本改为《行由第一》，分其后半为《般若第二》。正统本曰《释功德净土第二》，嘉靖本改为《疑问第三》。正统本曰《定慧一体第三》，嘉靖本改为《定慧第四》。正统本曰《教授坐禅第四》，嘉靖本改为《坐禅第五》。正统本曰《传香忏悔第五》，嘉靖本改为《忏悔第六》。正统本曰《参请机缘第六》，嘉靖本改为《机缘第七》。正统本曰《南顿北渐第七》，嘉靖本改为《顿渐第八》。正统本曰《唐朝征诏第八》，嘉靖本改为《宣诏第九》，近刻本又改为《护法》。正统本曰《法门对示第九》，嘉靖本改为《付嘱第十》。其间字句之不同者尤不胜枚举。于以知《坛经》之窜乱，其在正德、嘉靖间乎？明人好窜改古书，已成为风俗，不独于佛经为然也。余尚有嘉靖小字刻本，及闵刻朱墨本，亦为《坛经》中之佳品。此外则有福建鼓山刻本、长沙刻本、金陵刻本、如皋刻本等，皆近时普通单行本也。
《坛经》最要之宗旨，在于示明一切万法，皆从自性生。自性即是自心，自心即是真佛，故不必舍自佛而求他佛，但觅自心佛可也。其重要之下手处，在于依法修行。修须自修，行须实行。其所修、所行者，先去杀生、偷盗、邪淫、妄语、两舌、恶口、绮语、贪欲、瞋恚、痴愚等十恶，再去邪见、邪思、邪语、邪业、邪命、邪方便、邪念、邪定等八邪。去十恶八邪，即是除自性中不善心、嫉妒心、谄曲心、吾我心、诳妄心、轻人心、慢他心、贡高心，及一切时中不善之行。常自见己过，不见他人之是非善恶，是之谓归依自性天真佛。故六祖谓慈悲即是观音，喜舍名为势至，能净即释迦，平直即弥陀也。若不能依法实行，口善心不善，虽诵经念佛奚益？南辕而北其辙，其去真佛也远矣。
学者之于《坛经》，皆宜诵读之、讲贯之、思索之、体认之，以反求诸夙夜饮食、男女衣服、动静语默、应事接物之间。六祖之所谓“心平何劳持戒”，吾则求吾心之如何能平。六祖之所谓“行直何用修禅”，吾则求吾行之如何能直。六祖谓“恩则孝养父母”，吾则求孝养父母之所以尽其恩。六祖谓“义则上下相怜”，吾则求上下相怜之所以尽其义。六祖谓“让则尊卑和睦”，吾则于尊卑思所以行其让。六祖谓“忍则众恶无喧”，吾则于众恶思所以致其忍。于此六者，无一不致其精微曲折之详，无一不能贴向自家身心上做工夫，以截断其旧习，以变化其气质。虽读此一经，而已入圣贤仙佛之境界矣。呜乎，独处不能谨，口诵不能实行，徒以经典梵呗，严饰乎外，伪也。欲以虚伪之善，盖真实之恶，自可欺，人不受欺；人可欺，佛其可欺乎？
禅家所有语言，皆机锋相对，因病与药，使参问者舍去执见，直入中道而已。故圭峰禅师曰：“性不易悟，多由执相。故欲显性，先须破执。”其所谓破执者，试以《金刚经》证之。经曰：“如来所说身相，即非身相。”又曰：“是福德，即非福德性，是故如来说福德多。”又曰：“所谓佛法者，即非佛法。”又曰：“庄严佛土者，即非庄严，是名庄严。”又曰：“佛说非身，是名大身。”又曰：“佛说般若波罗蜜，即非般若波罗蜜。”又曰：“诸微尘，如来说非微尘，是名微尘；如来说世界，非世界，是名世界。”又曰：“如来说三十二相，即是非相，是名三十二相。”又曰：“是实相者，即是非相，是故如来说名实相。”又曰：“如来说一切诸相，即是非相。又说一切众生，即非众生。”又曰：“所言一切法者，即非一切法，是故名一切法。”又曰：“若福德有实，如来不说得福德多。以福德无故，如来说得福德多。”又曰：“如来说具足色身，即非具足色身，是名具足色身。”又曰：“如来说诸相具足，即非具足，是名诸相具足。”又曰：“彼非众生，非不众生。何以故？须菩提，众生众生者，如来说非众生，是名众生。”又曰：“所言善法者，如来说即非善法，是名善法。”又曰：“凡夫者，如来说即非凡夫。”此等句，不及备录。录此以见谈般若者，随说随扫，以破人之执著之相也。后世之谈禅者，其法皆出于般若部。所以问者曰是，则答曰非；问者曰非，则答曰是；问者曰有，则答曰无；问者曰无，则答曰有。且即毁即赞，即赞即毁；即立即破，即破即立；即体即用，即用即体；即言语非言语，非言语即言语。一时权宜相当，故有与甲相宜者，未必与乙相宜；与乙相宜者，未必与丙相宜。随机说法，无有定法如来可说。故六祖为志道曰：“汝勿随言解，许汝知少分。”
虽然，立教皆为对机。对机者，除病除执也。若本无此病，即无庸服药；本无此执，亦更不必破。无病而药，无执而破，则无益而有损矣。善夫，莲池大师之言曰：“看经须是周遍广博，方得融贯，不致偏执。盖经有此处建立，彼处扫荡；此处扫荡，彼处建立。随时逐机，无定法故。假使只看《楞严》，见势至不入圆通，而不广览称赞净土诸经，便谓念佛不足尚矣。只看达磨对梁帝语，见功德不在作福，而不广览六度万行诸经，便谓有为福德皆可废矣。反而观之，执净土非禅宗，执有为非无为，亦复如是。喻如读医书不广者，但见治寒用桂、附而斥芩、连，治虚用参、耆而斥枳、朴。不知芩、连、枳、朴亦有时当用，而桂、附、参、耆亦有时当斥也。是故执医之一方者误色身，执经之一义者误慧命。予尝谓《六祖坛经》不可使无智人观之，正虑其执此而废彼也。”
“心性”二字，空宗与性宗等解说各不相同，惟禅宗则毫无区别。所以黄檗禅师云：心性不异，即性即心；心不异性，名之为祖。又云：诸佛菩萨与一切蠢动含灵，同此大涅槃性；性即是心，心即是佛（见《传心法要》）。《南阳慧忠国师语录》：“曰：未审心之与性，为别不别？师曰：迷则别，悟则不别。曰：经云，佛性是常，心是无常。今云不别，何也？师曰：汝但依语而不依义。譬如寒月，水结为冰，及至暖时，冰释为水。众生迷时，结性成心；众生悟时，释心成性。”学者据以上数则，既知心性非异，可以读《坛经》矣。
六祖之碑铭及《坛经序》中有最难笺注者三处。王摩诘所撰《六祖碑铭》中之“泉馆”二字。余注曰：“泉馆”即“渊馆”也。筑馆于重渊之下，犹言穴居也。唐人避高祖讳，故改“渊”为“泉”。当时颇以未得确证为憾。后偶阅袁褧仿宋本《六臣注文选》中郭璞《江赋》：“渊客筑室于岩底，鲛人构馆于悬流。”原注曰：“渊客，鲛人，皆水中居，故筑室构舍于岩流之下。”此即泉馆之出处也。他日当为补入注中。又法海《坛经略序》中之“此地乃生龙白象来脉，只可平天，不可平地”三句，又德异《坛经序》中之“末上”二字。此三处皆不易笺注，学者慎勿滑过。“达摩”或作“达磨”，“惠能”或作“慧能”，皆可通用。第七品中之“羊鹿牛车”，近时新刻本改为“羊鹿之车”，大谬！万不可用。不知《法华经》中共分四车，曰羊车、鹿车、牛车、白牛车耶？此略举之，其说详载注中。
数年前有客问余曰：《坛经》第一品中，“韦刺史与官僚入山，请师出”，此山何名也？又问第七品中，“师振锡卓地，泉应手而出”，此泉何名也？第十品中“嗣法四十三人”，其名详于何书？何名也？余于时不能答，旁有座客代余答曰：此乃考据文字，于明心见性毫无交涉也。然余终以不知此答为憾。近来阅书稍稍留意，积久则此山与泉及四十三人皆确知其名。已详载《坛经》注中矣。
注中偶有重复之处，因经中往往有极机警、极爽利之话头，与极确实之理解，非仍引前注不能了然者，故又重复而用之。非若专门名辞，前已注过者，则每用注见前，或详见前注，可以了之。若理论则反，不如径将前注仍注一番，学者既省检查之劳，又获熟读之益。故注者不避重复之诮也。
《说铃》为说部丛书，内有《现果随录》一种，其九十一则载：江北沈生，幼厕黉宫，恃才妄作。读书萧寺中，见《六祖坛经》，妄举朱笔涂抹。回家暴亡。示梦于父曰：吾以涂抹《坛经》，现在地狱，身带火枷，苦楚难忍。父为我到寺读书处，寻出《坛经》，洗去涂痕，庶可脱苦。父悲痛不胜，入寺搜访，果见原本，急洗去旧痕，并发心重刻一部流通，为子忏罪。
唐释法才《光孝寺瘗发塔记》：“佛祖兴世，信非偶然。昔宋朝求那跋陀三藏，建兹戒坛，豫谶曰：后当有肉身菩萨，受戒于此。梁天监元年，又有梵僧智药三藏，航海而至，自西竺持来菩提树一株，植于戒坛前，立碑云：吾过后一百六十年，当有肉身菩萨来此树下，开演上乘，度无量众，真传佛心印之法王也。今慧能禅师，正月八日抵此，因论风幡语，而与宗法师说无上道。宗踊跃忻庆，昔所未闻。遂诘得法端由。于十五日，普会四众，为师祝发。二月八日，集诸名德，受具足戒。既而于菩提树下，开单传宗旨，一如昔谶。法才遂募众缘，建兹浮屠，瘗禅师发。一旦落成，八面严洁；腾空七层，端如涌出。伟欤禅师，法力之厚，弹指即遂。万古嘉猷，巍然不磨。聊叙梗概，以纪月岁云。仪凤元年，岁次丙子，吾佛生日。法性寺住持法才谨识。”
《肇庆府志》曰：永宁寺在县（新兴县）南琅村旁，相传为六祖辞母处，旁有辞母石。又曰，六祖庵在县（四会县）东扶庐山下，六祖尝避难隐于此。后人因建庵祀之。
《广东通志》曰：光孝寺在南海县西北一里，相传六祖祝发于此。《图经》云，本乾明、法性二寺，后并为一。刘宋永初间，陀罗三藏飞锡至此，指诃子树曰：“此西番诃梨勒果之林，宜曰诃林。”遂创戒坛。预谶曰：“后当有肉身菩萨，于此受戒。”梁天监元年，智药三藏自西竺国持菩提一株植于坛前。唐仪凤元年，六祖慧能祝发树下。因论风幡，建风幡堂。宋太祖改为“乾明禅院”。绍兴二十年，改为“报恩广孝寺”。后易今名。咸淳五年重修，元明屡经修建。有睡佛阁，国朝顺治六年，僧今盌修。康熙十一年，东莞人蔡元真，以寺颓废，请平靖两藩重新之，有牌记。寺又名法性寺，有米元章书三世佛名。稍北为六祖殿，前为菩提坛，坛侧为发塔，其东南为达摩井，西为五祖殿。循廊而东，为风幡堂，堂前有池泓然。
《坛经》正统刻本卷尾有无名氏跋语一则，近世已无传本。语颇详实，故附录于下。其辞曰：宋太祖开国之初，王师平南海。刘氏残兵作梗，师之塔庙，鞠为煨烬。而真身为守塔僧保护，一无所损。寻有制兴修，功未竟。会宋太宗即位，留心禅门，诏新师塔七层，加谥“大鉴真空禅师太平兴国之塔”。宋仁宗天圣十年，具安舆，迎师真身及衣钵入大内供养，加谥“大鉴真空普觉禅师”。宋神宗加谥“大鉴真空普觉圆明禅师”。本州复兴梵刹。事迹元献公晏殊所作《碑记》具载。六祖禅师，自唐开元元年癸丑岁示寂，至大元至元二十七年庚寅岁，已得五百七十八年矣。自大元至元二十七年庚寅岁，至大明正统四年，已得六百八十年矣。时正统四年岁次已未仲秋八月中元日重刊。
莲池大师曰：大鉴能禅师，世称南宗。大通秀禅师，世称北宗。然黄梅衣钵，不付“时时勤拂拭”之大通，而独付“本来无一物”之大鉴，何《宗镜录》谓大鉴止具一只眼，大通则双眼圆明？如是，何以不得衣钵？夫曹溪亲接黄梅，远承达磨，又远之承迦叶，又远之承释迦。乃永明传道于天台韶国师，而为此说者，何也？抑随时救弊之说也。昔人言晋宋以来，竞以禅观相高，而不复知“直指人心，见性成佛”之旨。故初祖西来，至永明时，又或以为一悟即了。故《宗镜》及《万善同归》等书，力赞修持。则似乎南宗专于顿悟，而北宗顿悟渐修，智行双备，故有只眼、双眼之喻。高松老人独奋笔曰：此一只眼，是之谓尽大地是沙门一只眼也，是之谓把定乾坤眼也，是之谓顶门金刚眼也。倘新学辈诸浅见者，执《宗镜》所云，作实法会，则大鉴止是空谛，而大通方始是中道第一义谛，可乎？或曰：曹溪六代传衣，举世靡不知之。而当是时，何为惟见两京法主二帝门师？北宗大著于天下，而不及曹溪者，又何也？曰：曹溪既承印记，秘其衣钵，为猎人守网，潜光匿彩，至于一十六年。大通之道盛行，曹溪之名未显也。迨风幡之对，而后道播万世矣。曹溪潜龙深渊，不自炫耀。大通见龙在田，不自满盈。其言曰：彼亲传吾师钵者也。盖善知识之相与以有成也如是。（《竹窗三笔》）
唐圭峰禅师曰：此方迷心执文，以名为体。故达摩善巧，拣文传心，标举其名（心是名也），默示其体（知是心也），喻以壁观（如上所叙），令绝诸缘。问：诸缘绝时，有断灭否？答：虽绝诸念，亦不断灭。问：以何证验，云不断灭？答：了了自知，言不可及。师即印云，只此是自性清净心，更勿疑也。若所答不契，即但遮诸非，更令观达。毕竟不与他先言知字，直待自悟，方验实是亲证其体，然后印之，令绝余疑。故云默传心印。所言默者，唯默知字，非总不言。六代相传，皆如此也。至荷泽时，他宗竞播，欲求默契，不遇机缘。又思惟达摩悬丝之记（达摩云，我法第六代后，命如悬丝），恐宗旨灭绝，遂明言知之一字众妙之门，任学者悟之浅深，且务图宗教不断，亦是此国大法运数所至，一类道俗合得普闻，故感应如是。