谁是这起莫斯科有史以来最严重的地铁列车爆炸案的元凶，一时还难以断定。
普京总统在与到访的阿塞拜疆总统举行的联合记者会上说，毫无疑问，车臣叛军领袖马斯哈多夫是这起爆炸案的幕后主脑人物。普京说：“我们不需要任何间接的证实，可以肯定马斯哈多夫及其同伙与这起恐怖主义事件有关。”他说：“这起事件将在俄罗斯总统选举中被用来作为辩论课题，也是被用来向俄罗斯国家首长施加压力的手段。”
但逃亡的车臣叛军领袖马斯哈多夫的发言人却声辩道，马斯哈多夫和他的车臣政府与这起血腥事件毫无关系，他们同样谴责这起事件。
莫斯科市检察院认为，此次地铁爆炸，纯属恐怖活动和蓄意谋杀案件，他们根据俄罗斯刑法，立即立案，进行刑事侦查。根据地铁内自动录像系统的记录，两个高加索地区少数民族长相的乘客已被锁定为犯罪嫌疑人。
俄警方认为，当天发生的莫斯科地铁爆炸事件很可能与近一年来俄发生的一系列恐怖袭击事件有关。警方已开始对此案进行调查。据了解，爆炸发生前几分钟，曾有一名穿黑色皮大衣的30多岁男子对距离事发现场最近的地铁站值班员说：“你们要过节了。”与这名男子同行的还有两名身着黑衣的20多岁女子。这3个人的长相均带有高加索人特征。
事实上，自从去年俄罗斯境内发生了一系列的自杀爆炸之后，莫斯科就一直处于警戒状态。因此，这次爆炸发生后，一名在车站不远处开店的女老板就冲着记者高呼：“全是车臣人干的，又是车臣人干的，我们仇恨他们，我们把他们全都杀光！”她还冲着几米开外穿俄罗斯联邦安全局特工夹克的男子高喊：“谁来保护我们？你们打算怎么保护咱们的子孙后代？”
俄罗斯联邦安全机构也立即将这次爆炸事件锁定为自杀袭击。俄罗斯国际文传电讯社引述调查人员的话说，从初步调查的迹象来看，一定又是一个女人弹所为，又是“黑寡妇”干的。莫斯科副市长瓦列里透露说，这个“黑寡妇”与以前的不同，没在炸弹里揣很多的尖铁钉，但却用了威力更大的新型炸药。
此前，在2003年12月9日，一名“黑寡妇”在莫斯科一家饭店外引爆炸弹，导致6人丧生。事发地点距俄罗斯政府所在地克里姆林宫仅有数百米。当时，莫斯科检察院抢劫与凶杀案调查局局长格里高利·希纳科夫表示：这位“黑寡妇”至少还有一名女性同谋者。根据饭店的监视录像，警方已绘制出了这名女同谋者的正面像，分发给了所有警察分局。可以断定，这名被通缉的“黑寡妇”参与了前一次恐怖爆炸事件。此次爆炸袭击的“黑寡妇”长着一副高加索人的面孔，年龄在40—50岁，体态较瘦，身高1.60— 1.65米，爆炸发生时，她身穿黑色长皮大衣，头带黑皮帽。
在民调中获得70%支持率的普京，不会受到爆炸案的影响，他曾在2000年首次参加总统选举中，利用这类事件打击车臣分离运动，在选战中处于有利地位而获胜。这一次，他依然立场坚决，态度强硬。他表示，要打击恐怖主义活动，就必须拒绝与任何恐怖分子进行对话，因为任何接触只能纵容他们干下更血腥的罪行，俄罗斯决不会与恐怖分子举行会谈，它将彻底消灭他们。普京呼吁：“全世界唯有团结起来，才能对付这一共同的威胁。”
俄罗斯多数政党明确支持普京总统的坚定立场，不过，也有人表示对车臣问题的某种担忧。
左倾民族主义者格拉紫耶夫在电视辩论会上说：“干下恐怖主义行径的人，显然是要在总统选举前破坏俄罗斯的政局。”“恐怖分子的主要目标是总统，我们不应当攻击国家当局，但我们必须说，当局没有竭尽所能保护我们。”
2月8日，英国《星期日泰晤士报》报道，来自俄罗斯联邦安全局的消息称，一名潜伏在车臣共和国的宗教极端分子极可能是该爆炸案的幕后策划者。此人名叫瓦利德·加米迪，现年36岁，是车臣叛军领导层中最具影响力的人物之一，他指挥着数百名“圣战”者同车臣叛军并肩作战。
国际观察家们认为，恐怖分子这时候在莫斯科制造地铁爆炸显然是精心策划的，并且有非常鲜明的目的：
首先是破坏俄罗斯总统大选。去年俄罗斯国家杜马大选之后没几天，车臣恐怖分子就制造过自杀爆炸。而今年的总统选举即将在3月14日拉开序幕，而且普京志在必得。随着大选的来临，俄罗斯紧急情况部官员们早就做好了应付恐怖袭击的准备，但这显然是防不胜防的。恐怖分子此时在作为俄罗斯国家权力中心的莫斯科制造爆炸事件显然是挑战连任肯定成功的普京，给这位对车臣一直持强硬立场的俄罗斯总统脸色看看，并且对选民们多少产生一定的影响。
其次是车臣分裂分子继续发出自己的声音。由于俄罗斯联邦执法机构在车臣持续不断的打击，车臣分裂武装的日子越来越难过，普京总统更是宣布车臣多数武装分子已经被剿灭。在这种情况下，车臣恐怖分子必然要在俄罗斯政治中心引爆一颗炸弹，从而让人们听到他们最响亮的声音，证明他们仍然存在。如果这次事件得到证实系车臣恐怖分子所为的话，那么就是2003年7月以来俄境内遭遇的最严重的恐怖袭击事件。
三是破坏俄罗斯的国际形象。此次爆炸事件恰恰在阿塞拜疆总统来访之际发生，而普京此前多次在国际场合表示，车臣的局势已经稳定，俄罗斯的恐怖分子不再成气候，而俄罗斯要重振当年的雄风。显然，莫斯科地铁爆炸事件对俄罗斯的反恐怖成果有直接的影响。
四是直接影响俄罗斯的经济建设与社会稳定。莫斯科地铁爆炸消息传开后，俄罗斯金融市场应声而跌，俄罗斯RTS指数下跌两个百分点，卢布兑换美元持续走低。
然而，恐怖爆炸并未结束，半年之后，莫斯科地铁附近，又发生了一次惊心动魄的大爆炸。
莫斯科市和平大街是该市交通枢纽和商业中心，车水马龙，繁华拥挤。位于该处的里加地铁站停车场停满五颜六色的小轿车。
2004年8月31日晚8点10分，一辆陈旧的“拉达”车驶进停车场，此车为俄罗斯自己制造。一名身穿深色背心的人影下车离去，不到5分钟，一声惊天动地的巨响，“拉达”车散成碎片，周围的轿车也浓烟滚滚，火光熊熊。
莫斯科警方立即封锁了现场，里加地铁站也随即关闭。莫斯科紧急情况部据报立即派出救护车与消防车，火速赶到现场，进行抢救。
爆炸发生后，莫斯科市长卢日科夫等官员以及俄安全局、内务部、检察院等部门人员立即赶到现场。近20辆救护车到现场抢救伤员。莫斯科警方随后加强了安全部署，国家机关等重要设施增强了守卫，各火车站、地铁站、飞机场、港口等公共场所增派了巡警和警犬。警察奉命特别注意长相带有高加索人特征的单身女子，并呼吁市民保持警惕，发现可疑人员和无主物品立即向警方报案。
警方在清理现场中，发现了多具尸体和数十名伤员，医务人员将伤员迅速送往医院急救，其中12人伤势严重。
由于案发地点为莫斯科闹市区，百货商场林立，又靠近地铁、火车站，当晚是暑假的最后一天，不少家长陪同孩子，在商业中心选购新学年的学习用品，故受伤者多为小孩。
转瞬之间，此消息传遍整个莫斯科，传遍整个俄罗斯，莫斯科市民们极为恐慌，近段时间以来，恐怖活动的毒焰已从车臣、从远离莫斯科的地方蔓延到了俄罗斯的心脏，每一次恐怖袭击，都将给莫斯科人带来挥之不去的心理阴影。
2003年2月6日，一名恐怖分子在挤满上班人群的地铁车厢里拉响了隐藏在身上的炸弹，造成近40人丧生，100多人受伤。
7月5日，两名“黑寡妇”在莫斯科一个露天摇滚音乐会上引爆炸弹，造成15人死亡。
7月10日，一名“黑寡妇”企图将炸弹安放在莫斯科市中心一家咖啡馆内，俄联邦安全局一名排弹专家不幸被炸身亡。
12月9日，一名“黑寡妇”在克里姆林宫对面引爆炸弹，导致6人丧生，13人受伤。
这次爆炸发生在莫斯科和平大街沿线里加地铁站和附近一商场之间。一名试图进入地铁站的妇女看到地铁站入口处有警察检查便转身混入附近的人群，并引爆了随身的爆炸物。除这名妇女丧命外，有7人当场被炸死，另有2人在被送往医院途中死亡。爆炸还使附近的2辆小轿车起火燃烧，里加地铁站和商场玻璃窗被震碎。
另一名目击了爆炸过程的男孩向媒体透露，爆炸发生时，他正在25米远处。爆炸过后，他看到了很多人倒在地上，还有一具无头尸体。
俄罗斯联邦安全局官员宣称，此次恐怖爆炸，系一名“黑寡妇”所为。他说：“一名女性自杀袭击者当天在莫斯科北部一地铁站外引爆了炸弹，导致至少10人丧生，50多人受伤。”
据调查，恐怖分子在汽车内装了1公斤TNT黄色炸药，为了增加杀伤力，他还在爆炸物内装填了螺丝钉，以此造成重大伤亡。
8月31日晚23时，俄罗斯联邦安全局公布了莫斯科地铁车站外恐怖爆炸中的伤亡情况：截至于公布时为止，爆炸已造成10人死亡，51人受伤，其中49人被送到医院治疗，20人伤势严重。
当晚，一个自称是“伊斯兰旅”的组织通过互联网发布声明，声称对爆炸负责，并扬言要在俄罗斯发动更多的恐怖袭击。该组织曾宣称对8月24日俄罗斯两架客机爆炸坠毁事件负责。
面对恐怖分子的爆炸袭击，俄罗斯政府给予了坚决的回击。
9月1日，俄总统普京表示，为了杜绝恐怖活动，维护俄罗斯人民的生命安全，除车臣恐怖分子和分离主义分子外，俄罗斯政府愿同所有力量谈判。
普京说，俄罗斯政府的各种谈判和各种妥协条件，都被车臣恐怖分子和分离主义分子利用。他说，有人希望发生战争，希望把战争作为一种挣钱的工具，“同这样的人没有什么好谈的，应当同他们进行战斗”。
普京指出，苏联解体后，伊斯兰原教旨主义渗入车臣。过去发生在达吉斯坦共和国的恐怖袭击事件表明，参与恐怖袭击的不仅仅有车臣恐怖分子，还有来自国外的匪徒。绝大多数车臣人认识到，车臣问题被一些极端势力用来实现私利。
他表示，俄政府将大力发展车臣经济，推进车臣政治重建进程，使人们确实感到政府工作的成效。他说，俄政府将分阶段最大限度地将国家力量的工作交给车臣共和国自己去做，依靠民众，继续严厉打击恐怖活动。
9月1日，俄国防部长伊万诺夫表示，恐怖分子已向俄宣战，并呼吁全社会共同反恐。他宣布，不排除俄罗斯境内继续发生恐怖袭击的可能性。“里加地铁站的爆炸，很遗憾，不是第一起，我担心也不是最后一起袭击事件。事实上，恐怖分子已经向我们宣战，在一个看不见敌人也没有前线的战场上。”伊万诺夫指出，“遇到这种情况的不仅仅是俄罗斯。昨天地铁站发生恐怖袭击的同时，以色列有两辆汽车被炸毁。”他强调：“同恐怖主义斗争的一个有效方式就是加强居民的警惕性，发动全社会的力量。仅依靠国家力量解决这一任务将非常困难，尽管所有强力部门的职责就是同这种威胁作斗争。”
俄内务部信息司表示，鉴于莫斯科里加地铁站恐怖事件，俄罗斯全境都已加强了安全措施，首都莫斯科更是重点防范地区。内务部官员证实，目前已令警察提高警惕，重点盯防可疑人员，警局还加强了对护照的检查。
俄内务部请求公民们保持警惕，一旦发现可疑人员或无主物品，要迅速通知警方。
俄罗斯战略评价分析研究所俄罗斯内政专家格德诺夫接受早报采访时说：“一系列恐怖事件正影响俄罗斯政治，特别是内政，对于车臣的政策和俄罗斯民主政策的重新定义。”他说，一系列的恐怖事件的根源都在于车臣局势，爆炸事件说明俄罗斯对车臣政策仍存在问题，“我们应该重视车臣问题，如果需要和平，普京应重新制定车臣政策，逐步撤军，实现车臣自治”。格德诺夫认为，恐怖袭击使俄罗斯的转型性民主遭遇挑战。
七、宙斯怒吼：俄罗斯空中反恐大行动
2004年8月24日21时35分，一架属于俄罗斯西伯利亚航空公司的“图—154”客机，从莫斯科多莫杰多沃机场冲天而起。40分钟后，又一架属于伏尔加快速航空公司的“图—134”客机也从该机场起飞，尾随其后，向南飞去。它们的目的地分别是位于黑海之滨、有俄罗斯第三首都之称的旅游度假城市索契和著名的伏尔加格勒（原斯大林格勒）。
这本来是俄罗斯国内两个普通航班，机上没有什么特别乘客。可是，几十分钟后，两架飞机的情况却引起了全世界的关注。
“图—134”客机上载有35名乘客和9名机组人员，担任该机主驾驶的是该航空公司总经理尤里·巴伊奇金。他是资深飞机员出身，尽管早已升任公司管理高层，可他多年来养成了一个习惯，定期在本公司航班上坐镇指挥机组。与巴伊奇金同机的本次航班机组人员，个个经验丰富。本次飞行仅为这架“图—134”新客机的第二次出行。
然而，天有不测风云，晚上10时56分，当飞机于途中飞临图拉地区（莫斯科以南约180公里）时，突然与莫斯科航空管理局的塔台失去了联系，随后，便从雷达屏幕上消失得无影无踪。很快，它就突然从万米高空坠毁在当地一座村庄。据当地目击者称，飞机坠毁之前曾看到机上发生了强烈爆炸。
一波未平，一波又起。大约3分钟之后，“图—154”客机在莫斯科至索契途中的罗斯托夫上空（莫斯科以南965公里），突然发出遭劫持或攻击的信号，此后，就与机场信号塔台失去了联系。开始，塔台的工作人员还以为该机只是短暂失踪，随后噩耗传来，该机已在俄南部罗斯托夫州坠毁，燃烧的飞机残骸立即引起大火。“图—154”客机上至少有44人，由此，两架飞机上的乘客和机组人员共90人，全部遇难。
8月25日凌晨，俄罗斯紧急情况部新闻局局长雷克林证实了上述消息，救援人员也在“图—134”客机坠毁附近的村庄找到了失事飞机的尾翼。25日晚些时候，俄罗斯紧急情况部宣布，失踪的“图—154”客机的残骸也已经在俄南部罗斯托夫州被找到。至此，两架客机都已被证实坠毁。
“图—154”是前苏联图波列夫设计局研制的新型飞机，用以代替“图—104”、“伊尔—18”的三发中程客机，是前苏联第一种按西方标准设计的客机。1966年春开始设计，1968年10月14日首次试飞。共有6架原型机和预生产型机用于试飞，从第7架开始交付给前苏联民航局使用。
1971年初，前苏联民航局对“图—154”进行初步验证飞行和机务人员训练飞行，同年5月，开始邮件和货物运输，7月开始投入客运飞行，1972年7月，即开始向国外出口该机型。