在辛普森的血液样本被保存作物证的时候，有四分之一茶匙的血液消失了。辩方提出警探们有充足的时间在现场周围用他的血液进行涂擦。更糟的是，有些现场样本受到了污染。辩方认为手套有可能是人为放进去的而且大小并不适合辛普森。最后，搜查录像也没有使控方占得辩方什么先机。录像表明警方在现场监察中的一些失误不利于控方的诉讼。如巡警用妮可尔的电话报告谋杀案，可能毁掉指纹物证。当警察到达的时候，其中一人用毛毯盖住了妮可尔的尸体，以避免新闻人员的拍摄，这可能破坏了尸体身上的纤维物证。一名侦查员指向沾血的皮手套，表明他没有经过预先防备，如穿上消毒的工作服和手套。警方的录像包括更多的错误，一名初级警探将血液药签掉在地上，并用脏手擦镊子。警探们还错过了妮可尔门上的血迹，直到3个星期后才去提取。警方的工作程序上的一些失误，给了辩方可乘之机。
然而，控方可以对他们此案中的很多不足之处进行解释：比如，血液中天然含有微量的EDTA。但是陪审团在新闻聚集下进行了9个月的审讯，疲惫不堪，而且大量的专家证词令他们感到困惑，最后并没有相信控方。他们只用了6个小时就裁定辛普森谋杀罪名不成立。
辛普森被警方怀疑谋杀其前妻妮可尔及其男友高曼，是因为警方在距离命案现场三公里的辛普森住处搜集到沾有血迹的手套，在车库外车道上获取可疑血迹，在其白色福轿车内到搜集到沾有血迹的证物。检察官指出，在个案现场后门采取血迹之DNA鉴定结果，出现的几率为五百七十亿人中出现一人，而此一结果与辛普森之基因鉴定结果相符。这一过高的几率成为控辩双方争论的焦点之一。辩方聘请律师及鉴定人提出血迹经系他人栽赃，卷标被误置，样本被污染或鉴定错误等论据。控方则反驳上述物证早于向辛普照森采血前即已存在，不可能将辛普森之血栽赃到犯罪现场之证物上。结果，本案虽然沾血证物化验认定属于辛普森，辛普森仍被判无罪。
在DNA鉴识中，辛普森案例是辩方成功运用警察鉴识的疏忽获得成功辩护的经典案例。
关于DNA指纹配型的几率和从事DNA指纹鉴定的实验质量控制两个问题都涉及到方法论问题。英国是最先在刑事侦查中使用指纹鉴识技术的国家，也是指纹鉴识技术最先进的国家。英国法庭科学界认为指纹鉴识技术是最可靠的刑事案件取证方法。杰弗里斯教授在纪念DNA指纹识别技术应用20周年大会上说，为减少假阳性的可能性，警署刑警应提取更多DNA样本参数。英国法庭科学服务中心(UK’sForensicScienceSer-vice)管理警署DNA数据库的一个官员认为“一般来说目前取样10个基因数据是可以的。但是，为防止偶然会出现相似机会，我们决不能等闲视之，我们已向上级报告，正在研究新措施。”这个官员还说，“假如样本被破坏并造成DNA特征数据不完整，那么有可能意外出现相似性。因此，特别重要的是要记住国家DNA数据库仅是智能信息库。这就意味着我们在决定指控别人犯罪以前，必须认真分析所有案件有关资料，决不能孤立地来看DNA参数”。
物证污染是影响物证鉴定结果的最重要因素之一它会损害物证鉴定结论质量甚至造成错误的鉴定结论。随着以法医DNA检验为代表的物证鉴定技术检验灵敏度的提高物证污染出现的可能性及其造成的危害程度都显着增加。物证污染有多种形式和来源可能发生在犯罪现场或实验室。采取适当的污染防范措施可以有效降低物证污染发生的可能性及时监测和发现物证污染可以将污染造成的危害降到最低。
物证鉴识体系是以鉴定人为主体的，而有人参加的活动不可能绝对不出现失误，因此物证污染的发生是不能完全避免的。采取适当有效的防止污染措施，只能减少物证污染发生的概率，并不能够完全杜绝物证污染事件发生。物证污染隐蔽性很强，许多微量的污染物质是肉眼看不见的，大多数污染都无法直接察觉到。由于现代物证鉴定技术灵敏度极高，受物证污染影响的鉴定结论一般也没有特异表现。所以，我们只能采用一定的监察机制尽量地减少污染所带来的负面影响，并采取适当的技术方法排除污染，进而使物证鉴定的结果呈现最大的侦查和证据价值。
DNA本身并不具备自动成为客观证据的功能，而必须经过以人为主导的采样、实验、对比、分析及数据解释等程序后，方可得出结果。也就是说，DNA证据必须通过人的行为才能得到。那么从采样到实验，再到根据实验结果进行分析和报告，每一个环节都可能出现影响DNA证据可信度的行为，再加上我国各地DNA鉴定水平参差不一，导致这个“最能接近事实本相的证据武器”有时并不能揭示事实真相。如果DNA证据的发现、提取、保管、鉴定过程不严谨、不科学，不但无助于破案，反而会制造冤案。湖北鄂州市离奇强奸案表明人们的担忧并非空穴来风。
2003年6月4日晚11时许，一个蒙面男人持刀窜入鄂州市鄂城区杨叶镇村民李某家中，欲对李某强奸，因遭李某反抗未能得逞；6月5日晚，该人再次窜入李某家，持刀对李某强奸得逞；6月6日李某向当地杨叶镇派出所报案，警方立即对李某家布控准备及时抓捕。岂料，当晚该人竟然在现场布控的四名警察眼皮底下再次持刀对李某强奸得逞。警察追之不及，该犯裸身逃脱，其衣裤、鞋子、刀等多件物品遗留在作案现场。
6月7日，该犯留下的精斑等物被送往黄冈市公安局进行检验，一个月后，李端庆抽血化验，10天后，黄冈市公安局对李端庆血样的DNA鉴定结论出来了，证实李某阴道内的精液系李端庆所留。经突击审讯，警方宣称李端庆本人对强奸李某供认不讳。
在不少场合，李端庆称自己没有干过那缺德的事，并称其口供系刑讯逼供所致，并向律师展示了身上的伤痕。随后，律师又到案发当地进行走访，了解到6月4日第一次案发当晚，邻居家一名中学生在李端庆家借宿，和李端庆睡在一起，李端庆一直未出去过；而李端庆的妻子、父母、岳母均证实，6月5日及6日，李端庆从未出去过，根本不具备作案时间和条件。
警方指控李端庆蒙面持刀三次强奸李某，核心证据是黄冈市公安局的DNA鉴定结论，该结论称李某阴道擦拭物、内裤、毛巾等物均检出李端庆的精液成分。但该结论同时证实在李某的阴道擦拭物中检出两个人的混合精斑。这说明案发时李某曾经和两个男人发生过性关系，其中一个被认为是李端庆，那么另一个又是谁？这两个人究竟谁是强奸？谁是通奸？然而不管强奸还是通奸，李端庆及其家人均否认与李端庆有关。据此，鄂城区法院决定对李端庆重新抽血鉴定。
2004年1月初，湖北省高级法院及湖北省公安厅的鉴定结论出来了，公安厅的结论是：从李某阴道擦拭物中检出人类精液成分，其DNA图谱与李端庆的不一致，可排除李端庆所留。省高院的结论是：所送李某阴道擦拭物、内裤、毛巾上的可疑斑痕，非李端庆所留。证据出现重大变化，警方怀疑重新鉴定时有人“掺杂使假，做了手脚”。于是有关各方再次对李端庆重新抽血送往公安部权威机关进行DNA检验鉴定，而鉴定结论再次排除了李端庆作案的嫌疑。李端庆取保候审，走出了看守所的大门。
针对这一案例，一位鉴定专家说：DNA鉴定结论错误一般有两种情况，一种是实质性错误，即由于技术手段等原因，造成将不同DNA认定为相同，或者将相同DNA认定为不同。另一种是表象错误，即检验鉴定结论本身并无错误，所检检材DNA确实相同或者确实不同，但将该结论放到具体案情中或者与另外的结论相比较，又确属错误。当然，错误结论也完全可以由人为原因造成。
下面的DNA检验所存在的问题也值得我们深思：
2004年7月13日晚，在新疆库尔勒市从事饮料推销工作的26岁雷香国突然失踪。第二天，其兄雷红向当地警方报案，后来又在报纸上登了寻人启事。不久，有人反映在水渠中发现了一具尸体（已埋），与雷香国体貌相似。在警方的带领下，雷红和父亲雷伍富见到了那具尸体。法医当即进行了解剖，确定死亡原因。之后，库尔勒市公安局通知雷伍富抽血，与无名尸体进行DNA鉴定。2004年8月24日，库尔勒市公安局向雷红家下发了《鉴定结论通知书》，称“有关人员对无名尸体与雷伍富血样进行了DNA及无名尸体胃内物鉴定，鉴定结论是无名尸体与雷伍富有血缘关系，累积亲权概率为99%，无名尸体胃内无有毒物质。”8月30日，雷伍富正式接到了库尔勒市公安局的《鉴定结论通知书》，结论是雷香国“溺水死亡”。随后，巴州公安局刑侦支队在法医的再次检验后，出具了“死亡证明”和“火化证明”，尸体被火化。
雷红并不相信警方“溺水死亡”的说法，通过自己的一番调查了解，他怀疑弟弟的死跟一个叫苗苗的女人有关系。雷红向当地警方递交材料，提供了部分破案线索，强烈要求警方立案调查。
2004年9月，苗苗在乌鲁木齐市整容后，准备与母亲外逃时，被库尔勒市公安局民警抓获。之后，苗苗的父亲苗斌在青海省格尔木市落网。苗苗交代了杀害雷香国的事实，并说出了埋尸的地点。同年10月，警方在库尉公路的一处戈壁滩上挖出一具尸体，通知雷伍富前去抽血采样，雷香国的母亲也被采了血样。
2005年1月6日，库尔勒市公安局再次给雷家下发了《鉴定结论通知书》，结论是：“雷香国尸体与其母施昌会的mtDNAHVH区(050-360)碱基序列一致”。这一结论又证明了这具尸体就是雷香国，警方还认定，先前发现的那具溺水而亡的尸体并非雷香国。
2005年6月10日，新疆巴州中级人民法院一审判决认定：凶案起因是苗苗骗走了雷香国的手机，并提出延期归还，雷拒绝，苗苗用菜刀砍伤雷香国。之后，苗苗一家三口和另一被告把雷香国带到戈壁滩，苗苗与其父用铁锹将雷拍打致死，后两人挖坑将雷香国埋掉。法院一审以故意杀人罪判处苗苗、苗斌死刑，判处其母周晓庆死缓。