朱棣开始起兵，时称“靖难之役”。奉天靖难，就是尊奉天（就是朱元璋）的意思，靖朱允炆的难。很快，朱棣的燕军就“拔居庸关，破怀来，执宋忠，取密云，克遵化，降永平。”北平城外原来围着他的部队一整圈绕过去，都收拾了，朱允炆这些兵还真是不经打。没办法呀，谁让朱元璋把能打的都收拾干净了，现在放眼望去，能打的一个都没有。可能还有一个，老将耿炳文。朱允炆任命耿炳文为大将军，率十三万大军直奔北平。建文元年八月，耿炳文大军刚到真定，就在滹沱河被朱棣的燕军打败了，赶紧退守到真定不出来，不打了。
耿炳文不打，朱棣也不打，退回北平，这一仗算是序幕，就此结束。
朱允炆收到耿炳文战败的消息就坐不住了，听黄子澄的推荐换上了李景隆。朱允炆换将这档口，朱棣还有点事情要做。还记得藩王中最强的几个吧，除了朱棣和已经死掉的晋王朱棡，就还有一个在大宁（今蒙古赤峰市宁城县）的老十七，宁王朱权。宁王朱权之所以厉害，是因为他手下有一支精锐的蒙古骑兵，驻扎在朵颜三卫。朱允炆也怕朱棣跟朱权俩人凑一块造反，下旨把宁王的三卫削除了。笨人哪，你怕他们俩凑一块，可以下旨给宁王加封许愿让他去打朱棣啊，干嘛削人家兵权，这不是摆明了怀疑他，让他恨你吗？宁王这时候，应该是双方都应该争取的力量，没理由把他推出去啊。于是朱棣来了，他让姚广孝协助世子朱高炽守着北平，自己率兵从张家口直奔大宁，吞并了宁王所部以及朵颜色三卫的全部精锐。
朱棣前脚离开北平，李景隆后脚就来了。李景隆收拾了耿炳文的败军加上调集了各路的军马，号称五十万人，渡过卢沟桥，直抵北平城下，攻城攻了几次，没打下来，在郑坝村扎营。朱棣率精兵回来的时候，城里的燕军也同时出击，内外夹攻。仗打到第二天，他的士兵才听说李景隆昨天夜里见情况不妙就已经跑了，这草包。
李景隆的败报传到南京，朱允炆赶紧召来黄子澄问他，“听说仗打得不利，真的吗？”黄子澄说，“没有，没有。已经打了数仗，只是冬天到了，咱们南方的士兵受不了北方那个冷，就退兵到了德州休整，等春天来了再打。”暗地里还派人跟李景隆说，千万别说你被打败了。这就是所谓的忠臣，干的事情跟奸臣没两样。
第二年，建文二年。李景隆又来了，这次加了武英侯郭英和安陆侯吴杰等人的兵力，达六十万，号称百万大军。燕军呢，还是就十来万。双方大战于白沟河，统帅这么多的兵力，打这么大的战役是要用脑子的。李景隆实在是脑容量不足，南军虽然数倍的兵力于燕军，但是打了半天还是找不到北。而朱棣却能身边士卒，连战马都挂了三次又换了三次。终于在南军的数万先锋军平安所部咬开了一个缺口，南军顿时阵脚大乱，燕军此时又趁机在南军的营盘上放起大火。李景隆军是尸横遍野，弃甲如山，被杀及溺死者十余万，最后只剩下他自己一个人跑回了德州。燕军紧接着就追到德州，李景隆又跑到济南，燕军又追到济南，在济南城外好不容易凑起来的十余万残兵，又再次被朱棣的燕军打败。
济南被围。
济南城有两个厉害的角色——都督盛庸和参政铁铉，朱棣攻了济南城三个月，没打下来，退兵回北平。
朱允炆总算知道李景隆有多无能了，赶紧撤了，换盛庸为大将军，铁铉为兵部尚书、赞理大将军事。建文二年九月，盛庸受命率军北伐，命副将吴杰进军定州，都督徐凯等屯沧州，这两军也不经打，到了次月就被朱棣全部拿下。十二月份，燕军已经进入山东，攻下临清、馆陶、大名、汶上、济宁等地，兵锋直逼盛庸本部——东昌。
东昌这个地方，历来也不是什么兵家的战略要地，但是两军汇集于此，就必定有一场大厮杀。朱棣的燕军，这时候有些被胜利冲昏了头脑，看到南军，仍由朱棣亲自率军攻击。但是他以前打的那些都是菜鸟，这一次可不是，盛庸和铁铉早在东昌杀猪宰牛请将士们大吃大喝一痛，又是誓师又是检阅军队，还在战场预先布置了火器剑弩，准备的很充足。朱棣先冲击盛庸左翼，但左翼的精锐步兵根本冲不动，接着又冲击中军，盛庸将计就计把朱棣引入阵中合围。主帅被围，朱棣的部将分别引兵来救，结果张玉战死，朱能终于接应朱棣脱出重围，脱离战场。建文四年正月，朱棣率败军回北平。
这一仗燕军伤亡惨重，消息传来，朱允炆大喜过望，又是告太庙，又是把起先降职的齐泰、黄子澄官复原职（降职的时候他俩仍是朱允炆的智囊，很有奸臣的气质有木有？）。
朱棣率军回到北平以后，立刻开始自我反省，这一仗起先为什么胜，后来又为什么败。建文四年二月，朱棣又率兵出征了。这一次，他一口气就打败了盛庸，打败他的地点，仍在朱棣第一次打败耿炳文的地方——滹沱河。打败了盛庸，整个河北基本上都望风而降，接下来就进军山东。山东济南，铁铉镇守的坚城，也是朱棣忘不了的痛，这座城是不可能轻易攻得下来的。攻不下来，就不攻了，条条大路通南京，为什么一定要打你。燕军绕过济南，直取东阿、汶上、邹县，直达徐州，四月进抵宿州。此时平安率军渡过肥河，总兵何福也随之而来，还有徐达的长子****祖也率军而来，朱棣一下子面对三路大军的夹击，打得十分艰苦。北方的燕军又不习惯南方的雨季，除了严重的战半减员，军中还疾疫流行。这是真正考验一个领导人素质的时候。一方面，朱棣勉励大家稳住，说以前楚汉相争的时候，汉高祖刘邦打了那么多次败仗，就最后一次在垓下打败了项羽得了天下，我们现在怎么可以丧气退缩呢？另一方面，朱允炆却害怕两军在肥河相持的时候，京师不能没有良将，居然把****祖调走了。****祖走后，何福的粮草被燕军阻截。趁断粮军心动摇之机，朱棣全力进攻何福，在灵璧大败南军。何福逃走，平安被捕，朱棣率军直趋扬州。接下来的仗没什么意思了，也确实没什么人能打得过朱棣了。六月中旬，朱棣进抵金川门，守城的李景隆（记得这个草包吧）和谷王朱橞开门迎降。朱允炆在宫中****死了，有的说他从地道跑出去当和尚了，也有的说他跑到海外去了，后来郑和下西洋就是为了找他。
还是想不通朱允炆怎么就会失败了。
朱元璋给了朱允炆整个天下，朱棣只是二十几个藩王之一，他再厉害，资源也不过朱允炆的二十几分之一。仅仅用了四年时间，朱允炆就把整个家当都败光了。朱允炆仁慈，把文官从二品升一品，还取消了朱元璋的锦衣卫，他干的这些事情后来朱棣都重新恢复了。应该说朱元璋是给他孙子留足了后手的，仅锦衣卫就有十七个卫，按明代一个卫五千六百人，算一下就知道，有十万人。如果有锦衣卫这十万人的部队守住南京城，就不用考虑从前线调回****祖。退一万万步说，就算是打到最后，只剩下南京城了，朱棣能有多少兵，撑死了也就十来万。算上朱棣一路打下来耗损的兵力，再算上全国各路可能的勤王之兵，还有朱棣老家在北平，征运军粮都来不及，还是你朱棣没有任何机会的格局。所以我们知道后来朱棣为什么要重新起用锦衣卫，又另外组建了京师三大营。朱允炆到打仗的时候，还有个习惯，一直交代自己的部队“毋使朕有杀叔父名”，不要让我背上杀亲叔叔的名声。什么叫仁慈，你对人家有绝对生杀予夺的时候从轻发落，从轻处理，这个叫仁慈。你杀不了他，还随时反转局势被他杀，你就喊着不能杀他，这叫仁慈吗？这叫蠢!
早在朱棣去南京以前，姚广孝（就是那个要给朱棣戴白帽子的和尚）就跟他说，你要做皇帝，南京城里一定有人反对，你可以杀人立威，但是有一个人你不能杀，这个人就是方孝儒。为什么呢，因为这个人是天下读书人的种子，种子一旦被杀了，天下的读书人就不发芽，长不出来了。于是朱棣就把这个读书人的种子找来，我不杀你，但你给我草诏总可以吧，就是草拟一个我登基做皇帝的诏书。方孝儒说，我的头你可以杀，但诏不可草，我不干，死也不干。朱棣说，我知道你不怕我杀你，但是你不怕我杀了你九族么？九族，你杀我十族又怎么样？好，朱棣就杀你十族。九族就是从爷爷的爷爷算起，到孙子的孙子，一共九代人，跟这九代人有关系的都在九族之列，朱棣还别出心裁的把方孝儒的学生师友也算做一族，凑成十族。方孝儒最后一个被腰斩的时候，还支撑着上半个身子，在地上用自己的鲜血写了十二个半的“篡”字才断气。
这才是读书人，也是我们第一次见到的明代士人的代表。
我们现代有人考证到方孝儒还有后人传世，朱棣当时是不是真的杀了他的十族呢，这是题外话，我们就不说了。