第二次忍界大战，各国在雨隐村交战使得雨隐村的人们受到了极大的伤害，交战期间，被山椒鱼半藏称为三忍之一的自来也收下了三个战争中幸存的孤儿，自来也发现其中一个红头发的男孩拥有一双轮回眼，自来也也决定教教三人忍术。
长门平时并不爱说话，自来也开始了细心的教导，希望能够帮助长门走出心里的阴影，小南：“长门，弥彦，我们以后一定可以改变战乱的！”弥彦笑着：“没错，世界一定会为我们改变的！”，长门没有说话只是微微的笑了笑。
这时，自来也走了过来：“好啦！你们三个，从今天开始我就正式教你们忍术，一定要好好学啊！”弥彦看着自来也：“老师，我们一定会好好学的！”自来也看着三个孩子，笑着，：“如果预言是真的，那么长门一定就是那个预言之子了！”自来也心里想着。
就这样，三人开始了漫长的，学习忍术的路，慢慢的，长门的性格也变得开朗了起来，弥彦基本以水遁为主的忍术，小南开发出了自己的以纸为基础的忍术，长门是三人中，拥有学习力最强的，五种查克拉属性的忍术基本都掌握了。
自来也：“长门这孩子已经超出了我的想象了！五种查克拉属性的忍术尽然能够全部学会，最不可思议的是拥有五种查克拉属性！和三代老师比起来，确实有得一拼呢！”，自来也想了又想，终于决定单独找长门。
长门正在睡觉，这时自来也来到了长门的房间：“长门，快起来！”，长门迷迷糊糊的看着自来也：“老师？有什么事吗？”自来也看着长门：“你先起来吧！老师决定教你一种仙术！”，长门迷迷糊糊的就被自来也带到了妙木山，长门好奇的看着这个自己从未来过的地方，自来也：“长门，从现在开始，你将在这里学习仙术！”。
长门好奇的问自来也：“仙术是什么？”这时，一直超大的蛤蟆跳到了自来也面前：“自来也，你没事来这里干嘛？”，长门惊讶着：“会说话的，大蛤蟆？”，自来也：“嘿嘿！蛤蟆文太”。
长门已经被突入其来的状况打晕了头，这时，深作也来到了自来也面前：“小自今日来妙木山有什么事吗？”，自来也摸着头笑了笑：“其实呢！我这次是带我的这个徒弟来学习妙木山仙术的！”深作看了看长门：“这个少年的气质不凡啊！这双眼睛似乎有着很强大的力量呢！”。
自来也：“不愧是深作仙人，这个少年的眼睛就是传说中六道仙人所拥有的轮回眼！”，深作惊讶着：“这就是传说中的轮回眼吗？难怪感到力量强劲”。
就这样，深作答应了自来也教长门仙术，而自来也独自回到了雨隐村，长门的学习能力也领深作感到惊讶，没用多长时间，长门便已经初步的掌握了仙术，又过了一段时间，长门已经完全掌握了仙术。
深作：“这孩子，使用仙术并没有蛙变，已经超过了小自来也了呢！看样子他或许就是小自来也说的预言之子呢！”，长门：“蛤蟆仙人，我已经学会了仙术了了！是不是可以回去了呢？”，深作：“别急！我已经叫小自来也来接你了！”。
不一会儿，自来也来到了妙木山，深作带着长门去到了妙木山首领，蛤蟆仙人哪里：“将来，一个面具男会逼你做出改变世界的选着！你的选着将决定忍者世界的生死存亡！”，长门听了这番话后，虽然不明白，但长门牢牢的将这段话记在了心中。
自来也和长门回到了雨隐村，自来也：“长门啊！记住，仙术本就强大，不到万不得已还是不要随便用出来了！”，长门爽快的答应了自来也。
就这样又过了一段时间，自来也：“你们三个，现在我要测试一下你们的力量了！”，弥彦：“感觉好兴奋呢！”，小南：“老师，我们不会客气的”，长门笑着：“老师可别输给我们啊！”。
说完，长门率先扔出来三支苦无，自来也跳到了空中，弥彦趁这个时候：“水遁·水乱波”一阵大水柱从弥彦的嘴里喷向自来也，自来也一下就躲了过去，小南的纸手里剑飞向自来也，自来也：“火遁·蛤蟆炎弹”，自来也嘴里喷出熊熊烈火将小南的纸手里剑给烧毁了，眼看火焰快攻击到小南时。
长门挡在了小南面前：“水遁·水阵壁”，长门嘴里吐出了当量的水挡住了自来也的火焰，自来也往后跳了好几不：“不错嘛！这小子已经能熟练的根据战场情况运用忍术了”，这时弥彦来到了自来也的身后，对着自来也拳打脚踢，自来也一一闪躲，长门跳到了自来也头上：“风遁·风切断”。
一阵强烈的风遁切向了自来也，自来也和弥彦都跳开了，由于范围不广，长门的这招很容易就被躲了过去，自来也笑着：“长门！不能一味的使用忍术，战斗的时候还要使用战术，不然你是没办法打倒我的！”，弥彦看着自来也：“老师说的没错，不管我们怎么攻击，老师都能顺利的躲过去，如果有战术的就不一样了！”。
弥彦开始和小南商量起来，而长门竟独自面对自来也：“老师，你说的战术，我也有想，而且时时刻刻都在准备呢！”，自来也笑着：“是嘛！我很期待看到你的战术！”。
在小南和弥彦的辅助下，长门最终和自来也战成平手，虽然自来也并没有拿出全力，但是面对长门，自来也也是倍感压力。
这时天下着蒙蒙细雨，自来也看着雨中的三个孩子：“好了，从今天起，你们三个可以独立了！我也是时候离开这里了”，小南留着泪：“老师！”，弥彦也挺难过，长门似乎没有表现的难过，自来也：“别难过了！记得要向着和平去奔跑，以后有机会仍然可以再见”。
说完，自来也便匆匆离去，小南留着眼泪，弥彦：“自来也老师说的没错，我们要向着和平奔跑，小南，长门，怎么样？我们要让世界走向和平！”带着这股信念，长门，小楠，弥彦，组成了一个组织，这个组织的名字叫‘晓’。
弥彦想通过组织扩张势力，最终的目的是让忍者世界走向和平，但是三人却成了雨隐村首领山椒鱼半藏的眼中钉，所以山椒鱼半藏决定杀掉这三个阻碍，晓在成立后，不断有人加入，甚至有着几次战斗，这也让‘晓’组织的名声鹊起。
山椒鱼半藏也受到了志村团藏的蛊惑，所以山椒鱼半藏骗他们说，想借用他们的力量，向火、风、土三大国家提出和平交涉的提案，弥彦爽快的答应了山椒鱼半藏的请求。
但是三人到达谈判地点时，才发现这是个圈套，此时三人已经被团团包围，弥彦：“半藏，你竟然骗我们！”，小南：“为什么？为什么要这样？”，山椒鱼半藏看着三人：“你们身为雨隐村的一员，却私自扩张势力，就因为如此”。
长门愤怒的叫到：“我们可是为了这个世界的和平啊！”，山椒鱼半藏也没说什么，派人上前围攻三人，可是没想到三人的实力比想象的要强上许多，派上去的人一一被打倒：“这三个人果然留不得”。
说完，山椒鱼半藏瞬身到了小南后面，将然后将小南带到了悬崖上：“你们两个，都别动，否则这个小女孩就死定了！”。
弥彦愤怒着：“你这家伙，太卑鄙了！”，山椒鱼半藏笑着：“那边那个红头发，只要你杀了他，我就放了这个女孩！”，长门惊讶着：“不可能”，弥彦打断了长门的话：“长门，按照他说的做，今天我们是上了当了，这也是给我们上了一课，记住，自来也老师说过你可以改变未来，你要相信自己”。
长门留着眼泪拿出来一直苦无对着弥彦，山椒鱼半藏：“对！就是这样，快点动手”，长门一直犹豫不决，弥彦看着长门：“快动手啊！长门，否则今天我们都得死在这里”长门低着头：“我做不到，弥彦”，这时，弥彦一下冲上去，撞在长门的苦无上，长门完全没有反应过来。
血染红了长门的手，弥彦看着长门，然后笑了笑：“这样，就好了，你和小南一定要让世界走向和平！”说完，弥彦倒在了地上，山椒鱼半藏：“哈哈哈，现在的人果然傻呀！上，杀了他”，小南留着眼泪大声叫着：“长门快跑！”。
这时，长门的忍耐似乎已经到极限了，一群人正当扑向长门时，长门用左手对着他们：“神罗天征！”，冲上去的人全都被弹飞了，山椒鱼半藏惊讶着：“这是什么？”，山椒鱼半藏还没反应过来，长门已经来到了自己的面前，山椒鱼半藏赶紧丢开小南，然后后退了好几步：“火遁·火炎弹”。
强大的火遁向长门扑了过去，长门：“饿鬼道！”，山椒鱼的火遁一下就被吸收掉了，长门结了一个印：“仙法！”但是，这时长门发现体内有一股不寻常的查克拉在流动，然后长门身体被一股红色的查克拉包围着，身后出现了六颗黑色的球体，山椒鱼半藏和在场的忍者们都惊讶着，山椒鱼半藏：“这股查克拉，怎么回事？为什么他会有这么强的查克拉？那是！”。
山椒鱼半藏突然发现了长门的眼睛，山椒鱼半藏：“那就是传说中的轮回眼吗！”，小南看着眼前强大无比的长门：“长门！”，长门看了看自己的手：“这是，六道仙人的力量嘛？”，说完长门立刻召唤出了外道魔像，外道魔像将除山椒鱼以外的忍者们的灵魂都抽走了，小南跑到长门身边：“长门，杀了他！”，长门身后的六颗黑球，变成了六根棒子，棒子一下全贯穿了山椒鱼半藏的身体。
天空下起了雨，长门走到山椒鱼半藏的尸体前：“这种人，死不足惜！”，小南将弥彦的尸体带到了长门身边，长门看了看：“走吧！小南，先回去”。
长门和小南安葬了弥彦，此后面具男多次想要拉拢长门，被长门拒绝了，长门因为想起了蛤蟆仙人的预言，所以经过了长时间的心里斗争，终于选择了暂时归隐山林，长门带着小南去到了妙木山，长门决定长时间住在妙木山，为了知道外界的消息，小南随时到外面打听消息，就这样，第三次忍界大战长门也没有参与。
直到，一位新人来到妙木山，长门在远处看着那位新人：“小南，那就是自来也老师的新徒弟吗？”，小南：“嗯！他就是九尾人柱力，四代目火影的儿子”，长门：“这孩子，似乎有一种不可思议的力量呢！”小南：“什么不可思议的力量啊？”，长门笑了笑：“不知道，新时代似乎在慢慢开始了！”。