华佗很小的时候，母亲就患急症病死了。华佗从此立志要当医生，为穷人治病，替他们解除痛苦。
他听说“琼林寺”的长老医道高明，就不辞辛劳，跋山涉水，前去拜师。琼林寺的长老见他远道而来，诚心拜师，便收下了这个徒弟。
在寺中，白天干完杂活，一有空，华佗就去看师傅为人诊病，晚上读医书直到深夜。他的勤奋，受到了师傅的夸奖。
有一次，长老突然发病昏倒，师兄们都惊慌失措，华佗却十分沉着镇静。他主动为师傅把脉，用心思考，过了片刻，他对师兄们说：“不要紧，师傅的脉象平和有力，没有什么大的毛病，只是劳累所致，很快就会好的，请放心吧。”
大家听了也就踏实了。谁知大家刚刚安静下来，师傅却笑了起来：
“哈哈，你们这些人只有华佗及格！”原来师傅并没有真的生病，只是有意识地在考大家。回到屋子里，华佗发现刚才因为离开得急，碰倒了烛台，桌上的医书被烧了。他没声张，悄悄地又把书默写了出来。师傅得知这件事后，对华佗赞不绝口。
远在东汉时期，华佗就已经可以给病人做手术了。但是当时没有麻醉药，做手术的时候，因剧烈疼痛，病人经常是四肢乱动。无奈，华佗只好将病人捆绑起来。可是这样还是不行，病人只要看见华佗手中的刀，就吓得大嚷大叫。看到病人痛苦的样子，华佗很是心疼。
一天，几个人抬着一个受伤的青年来求医。华佗一看，这个人的腿摔断了，因疼痛已经昏迷，于是立即给他动手术。因为伤势严重，失血过多，华佗来不及像往常一样捆绑病人，就开始了手术。开始时，华佗怕病人乱动，叫护送的人使劲按住病人的四肢，可是病人毫无挣扎的意思。手术进展得十分顺利。华佗十分纳闷：
“这是怎么回事呢？病人为什么没有任何的反应？”
他仔细观察，闻出了一股酒味。华佗恍然大悟：人喝了酒，到了醉的程度，就会失去知觉，当然就不知道疼痛了！华佗从中受到了很大的启示：发明一种药，手术前让病人吃下去，就可以减轻痛苦了。
此后，华佗走遍山山水水，和很多精通医学的人探讨，还亲自上山采集了许多草药，配成了各种药方，煎熬后，自己先进行尝试，反复试验许多次，终于发明了中药的麻醉剂——麻沸散。此后，人们动手术再也不用为疼痛而担心了。
华佗的诊断技术极为高超。有一天，在盐渎一家酒店，几个人正在饮酒，华佗看一个叫严昕的人的脸色不正常，便问：
“你身体好吗？”严昕感到奇怪，回答说：“很好，很正常。”华佗说：“你有急病，最好不要多饮酒。”但严昕并没有在意，结果在回家的路上感到头晕目眩，从车上跌下，被人扶回家后不久便死去了。
一生救死扶伤的华佗，最后却屈死于封建专制制度之下。位居丞相，权重一时的曹操患有头风眩（可能是三叉神经痛），屡治不效。闻得华佗医术超群，便召请华佗治疗。华佗来到许昌只给他扎了一针，便止住了疼痛，但不能断根。于是曹操为能够随时给自己治病和达到笼络方士的目的，强留华佗做他的侍医。不为名利所动亦不愿受此拘束的华佗不久即托辞妻子有病请假归乡，并一再延期不返。曹勃然大怒，多次书信催促并敕郡县官吏督行，仍不见华佗回来，盛怒之下，差人查访说，若华佗妻果真有病则赐以小豆40斛，并再宽假数日。若是欺骗，便收华佗入监。后华佗被捕入狱，终遭曹操杀害。在临终之前，曾把他一生行医的经验总结写成一部书稿交付给狱吏，告知他这是可以救人活命的书，狱吏却因怕受牵连而不敢接受。失望而无奈的华佗于悲凉之中索火焚毁了书稿，一生心血的结晶，顷刻之间，化为灰烬。
华佗在医学史上首先采用了以麻沸散进行全身麻醉对患者进行手术治疗的方法，将外科手术的范围空前地扩大，同时也为医学的发展开辟了新的道路。他还是体育疗法的创始者，创造了“五禽戏”，通过模仿虎、熊、鹿、猿、鸟的动作而保证血脉通畅，使消化能力加强，从而达到锻炼身心的目的。华佗对后世的中国医学产生了深远的影响，不但在当时被称为“神医”，而且被历来的医家推崇为“外科鼻祖”。