这时，利文斯顿大法官挥舞着右手，高声喊道：“合众国总统乔治·华盛顿万岁！”随即，一面旗帜从楼顶上缓缓升起，礼炮齐鸣，全市教堂的大钟都荡起悠扬的钟声，群众欢声雷动。华盛顿再次向人群鞠躬致敬之后，又回到国会会议室向参众两院的议员们发表了就职演说。一场隆重的就职仪式至此圆满结束。
在华盛顿走马上任的时候，全世界的眼光都集中在他身上。战场上他是一个叱咤风云的英雄，和平时期他还能领导这个困难重重、百废待兴的共和国吗？他要治理的国家，幅员广阔，版图10倍于过去的任何共和国，大西洋一侧的海岸线长达1500哩，分属于好几个州。这些州在地方政府的体制方面各不相同，其面积、人口、风俗人情、土壤、气候、物产等也各不相同。对华盛顿为首的新政府来说，当务之急是采取稳步而有效的措施，扭转国家财政混乱的状况；改善同英国、法国、西班牙等欧洲列强的关系；与西部边境印第安人部落签订条约，在安抚土著居民的基础上，推动美国西部扩张的利益。这些问题都是非常棘手的，无怪乎华盛顿在就职时产生那种战战兢兢、如履薄冰的心情。
但是，事实上华盛顿作为第一任美国总统是不负众望的。在他任职5个月后，议会通过了为建立联邦政府的各个主要部门所必须的立法程序。华盛顿对政府各部负责人的意见十分尊重，从而使他也赢得了他们的支持。后来政府各主要部门的负责人所组成的领导集团被称作内阁。
在财政方面，华盛顿大力支持财政部长亚历山大·汉密尔顿的工作，敦促国会通过了汉密尔顿拟订的发展工商业的政策，如颁布保护关税法令，建立合众国银行，由联邦政府偿还各州在独立战争时期欠下的债务等，有力地促进了资本主义经济的发展。
在华盛顿任内，国会在议员麦迪逊的倡导下，通过了宪法前10条修正案（即著名的《权利法案》），经各州批准，该修正案自1791年12月起开始生效。与此同时，原来因担心自由保证不充分而拒绝加入联邦的两个州（即北卡罗来纳和罗得艾兰）先后加入了联邦。此外，在西部地区又成立了3个新的州：佛蒙特（1791年），肯塔基（1792年），和田纳西（1796年）。
1792年4月，华盛顿第一次行使了对国会立法的否决权。根据1790年普查的数字，美国总人口为400万（其中包括近70万黑人人口）。国会要求以此为依据，重新调整各州在参、众两院的代表名额比例，并通过了提案。它一旦生效，北方各州在国会中新增加的席位势必偏多，南北力量平衡就回打破。有鉴于此，华盛顿否决了这项提案，而众议院没有驳回总统的否决。几个月之后，新的较为公平的议案拟订出来，在华盛顿签署后正式生效。
按照宪法，美国总统享有广泛的行政权力，但是华盛顿认为权力来自于人民，不可以随便运用；同时他服膺三权分立的理论，从来不以个人的权力和声望去影响国会通过他所赞同的议案，而总是让手下的部长们，特别是国务卿杰斐逊和财政部长汉密尔顿去处理诸如此类的事务。由此可见，华盛顿对总统否决权的行使是非常慎重的。
华盛顿本来打算在第一届总统任期结束后就告老还乡。所以早在1792年他就准备告别演说。他的理由是自己年事已高，健康状况欠佳，记忆力减退。但是，他的朋友都极力劝说他继续留任，杰斐逊深情地对他说道：“有您在，南北双方就不会分裂。”1793年2月13日选举团举行投票，又一致选举他为总统。是年3月4日，在首都费城（首都于1790年从纽约迁至费城），61岁的华盛顿举行了连任总统的就职典礼。
华盛顿的第二届任期的情况与第一届相比有很大的不同。他所厌恶的党派纷争像幽灵一样突然出现在政治舞台上，严重地影响了国家的团结。令华盛顿特别伤心和不安的是，他最为器重的两员大将汉密尔顿和杰斐逊因政见相左而深深地卷入其中，并分别成为联邦党和民主共和党（即反联邦党）的领袖。尽管华盛顿本人力图超越党派偏见，以表明他的公正无私的立场，但是也身不由己地受到美国最早的党派政治的牵累。
汉密尔顿的联邦党代表了美国东北部工商业和金融业资本家的利益，主张建立强大的中央政府，来保护本国资本主义经济的发展。在任财政部长期间，汉密尔顿为扭转国家财政的紊乱状况，恢复国家的信用，制订了一系列政策，如建立国家银行，保护关税和发展制造业，联邦政府承担各州债务等。这些政策的实施，使东北部的资产阶级大获其利，却遭致了南部种植园主和西部边疆白人农场主及广大小农的不满。
反映这些农业集团愿望和利益的民主共和党猛烈抨击汉密尔顿的经济政策。他们认为，汉密尔顿断章取义地解释宪法的有关条文，寻找建立国家银行的理由和政府为制造业提供补贴的法律依据。以历史的眼光来看，杰斐逊式的农业理想国思想是难以实现的，但是因当时90％的美国人都居住在农村，故而杰斐逊的主张拥有较为广泛的群众基础。
汉密尔顿及其在国会中的追随者试图建立一个高高在上的强有力的政府，这势必要侵犯各州的民主权利和来之不易的公民自由。他们从“人性恶”的观念出发，认为人民反复无常，缺少判断力和决策力，是不值得信赖的。政府应由杰出的富于教养的人来治理。但是，在杰斐逊看来，这些思想都是十分荒谬的、危险的，因为它们与自己笃信不移的“天赋人权论”、“社会契约论”格格不入。这些有害的思想如果加以实践，将会导致专制和暴政。
汉密尔顿和杰斐逊的分歧在美国的外交政策方面也表现出来了。
汉密尔顿认为，美国的财政来源主要是占其年收入1／4的进口税，而美国进口的约90％来自英国。如果与英国发生冲突，会危及美国的利益，因此他主张与英国保持友好关系。民主共和党的领袖之一詹姆斯·麦迪逊的思想恰恰与之相反。麦迪逊认为，英国商品大量涌入美国，固然使美国以进口税的形式增加岁入，但是也会妨碍美国民族工业的发展。有鉴于此，麦氏主张美国应扩大对法国的贸易，同时对英国以贸易歧视的办法迫使其给美国贸易特惠权，并迫使其在外交上做出让步。
而杰斐逊则是从政治上热情称颂法国大革命，主张美国应承认法国共和政府，遵守北美独立战争期间签订的美法同盟条约。汉密尔顿派和杰斐逊派尽管有这些分歧，他们之间的斗争日渐激烈，杰斐逊因不满于汉密尔顿过多地插手外交事务，甚至于1793年愤而辞去国务卿之职务，但如据此给他们分别贴上“亲英”、“亲法”的标签则不免失之简单化。实际上，汉密尔顿和杰斐逊两人外交策略的主导思想是没有差异的，都在于维护美国的国家利益，只不过他们各自的外交策略有所不同罢了。
由于内阁主要成员政见分歧严重，这就使作为总统的华盛顿左右为难，颇不顺心。当时，英国联合欧洲其他君主国一起攻击新生的法兰西共和国，几乎整个欧洲都卷入了战争。华盛顿小心翼翼地宣布了“恪守中立”的外交政策声明，但它遭到了杰斐逊及其追随者的批评。1795年参议院以微弱多数通过后，经华盛顿签署生效的《杰伊条约》，使原本紧张的英美关系有所缓解，在一定程度上改善了美国的贸易和国内经济状况。但由于条约对英国做了屈辱性的让步，结果华盛顿政府遭到来自民主共和党人的更为激烈的抨击。面对各种批评和诘难，华盛顿内心当然十分痛苦，但是作为开国总统，他总是能够保持高度的克制和忍耐，以大局为重，显示了一个成熟政治家的恢宏气度和宽以待人的美德。
1796年是华盛顿执政的最后一年。美国贸易状况明显改善了，英军和平地撤出了西北要塞，国内经济发展迅速，政局趋于稳定。尽管党争现象仍然存在，但对华盛顿攻击的势头已大大降低了，许多人又恢复了对他的尊敬和崇拜，要求他连任的呼声日渐高涨。但是，华盛顿却早已决心离开纷扰嘈杂的政坛，归隐山林，安享田园风光。在这年春天，他开始起草自己将要告别总统职位的演说。在这个过程中，他征求了汉密尔顿的意见，几易其稿，前后用了几个月的时间。9月19日，这篇被称为《华盛顿总统告别词》的文章在费城的《每日新闻报》正式发表了。