徐福从琅琊出海后，先到达了朝鲜半岛，之后在日本九州岛的佐贺登陆，在那里停驻了一段时间后，他们越过四国岛，在本州岛和歌山停驻了三年，之后到达了伊豆湾腹地，从此在那里开垦土地，繁衍生息。这一理论一直是关于徐福的诸多谜团中争论最为激烈的一个。有学者认为，传说中的三神山应该是指日本国。因为日本保存有很多与徐福有关的遗迹，如徐福登陆地、徐福祠、徐福冢、徐福井等，而佐贺市、新宫市等地都被传为是徐福当年登陆日本的地方。但也有学者认为徐福最终的目的地是韩国。因为韩国也有有关三神山和徐福东渡的传说，有徐福船队活动的遗迹。此外，还有人说他去了南洋，也有人说他去了海南岛，甚至有人说他到了美洲。最后人们提出一种看法认为，徐福东渡是先到了日本，后来又到了美洲，并在美洲自立为王。因为“玛雅文化”遗址中的一些考古发现年代与徐福出海的时间吻合，而且在这些遗址中，人们还看到了与秦人有关的一些器物。檀香山遗留下带有中国篆书刻字的方形岩石， 旧金山附近有刻存中国篆文的古箭等文物出土。这些古代文物很有可能是当时徐福这批秦人经过时所遗留下来的。而墨西哥湾地区有一批居住山区的黄种人，自称是秦采药人的后代。更有专家称，如果当时徐福是去往日本，不至于乘船漂泊数年方才到达，一定走得更远，据此就有人推测，他和他的船队是去往了更远的美洲……
无论如何，徐福都对今天的东北亚地区产生了深远的影响。直到今天，在日本许多地方，每年都要举行一系列的纪念活动，以感激徐福给日本带去的先进文明。在日本民间，徐福一直被尊为农耕神、蚕桑神和医药神。
徐福故里被确认后，许多日本人纷纷前来考察、拜访，这其中就有日本前首相羽田孜。当地人对于这位首相的到来至今还记忆犹新。当时当地很多群众前来欢迎，他来到以后很高兴，马上走到前面说：“大家好，我和你们一样都是徐福的后代，看到你们真高兴！”他讲完话以后又立即与群众合影留念。到了徐福祠以后，他首先到徐福像前面拜谒，双手合十，静默了很长时间，然后就到贵宾室去题词，写了“日中友好始祖徐福”八个字。
综上所述，如果说徐福作为一个历史命题还有诸多难解之谜的话，那么作为一个文化命题，早已在历史流变的进程中形成，并为中日韩乃至东北亚人民所接受。事实告诉我们，徐福作为一种独特的文化现象，无论从历史的角度，还是现实的状况，对中日韩三国的文化交流与交往都起到了积极的促进作用。
“徐福文化”的影响
其实，徐福传说虚虚实实，历来是浮于中日两国史学界的棘手“疑案”，但又是游离于历史与文化之间的热门话题，徐福成了中国与东北亚地区的一种独特文化。
在中国，自汉以下，历代文人墨客以此为题材撰文赋诗的不在少数。一生喜好探幽访奇的浪漫主义大诗人李白，其《古风（三）》赋的正是：“徐芾载秦女，楼船几时回？”宋朝欧阳修的一首《日本刀歌》更是烂熟于中日人民心中；元朝的吴莱热衷于徐福传说，他泛舟东海，寻访古迹，写下了著名的《甬东山水古迹记》，把徐福在舟山群岛中的遗迹，一一记录下来，并写下了《听客话蓬莱山紫霞洞》、《听客话熊野徐福庙》等诗篇；明朝的宋濂、清朝的黄遵宪等也都以此为题材，创作过流传千古的诗篇。
在日本古代史上，绵延了六千多年的绳纹文化，在公元前3世纪前后突然中断了，日本列岛的文明进程，从石器时代一跃进入金石并用时代，这一促进力量，来自于列岛以外的移民，是外来的大规模集体移民带来了新的文化。司马迁的《史记》中记载的徐福出海求仙事件，恰好发生在这一时期，这不能不引起历史学家们的关注。但是，《史记》中对徐福去向的记载只有“徐福得平原广泽，止王不来”这么几个字，这平原广泽是哪儿？谁也不知道，以后又无令人信服的考古资料可以佐证。
在日本，有文字记载的信史始于公元7世纪，古代史大多是以口传形式流传下来的，其可信度也有限。因此，要确切地弄清是哪些人从中国大陆带去了先进文化，着实有些困难。当时的中国正值列国纷争，连年征战，老百姓为逃避战乱，纷纷出海东渡，移民船队到达朝鲜半岛、日本列岛的又何止徐福一个。就在史学界，关于倭人始祖问题，历来也有“吴人后裔说”、“太伯后裔说”、“越人后裔说”、“徐福后裔说”、“骑马民族后裔说”等诸多观点；影响着日本历史发展的外来文化有吴越文化、齐鲁文化、通古斯文化等。因此，考察徐福文化的源头，真正的意义在于文化的认同和归属，这一认同和归属又以广泛的血缘交融为基础。“徐福”仅仅是这一时期大陆移民集团的代名词，是一种文化源头的象征。
徐福文化历史流变中的另一突出现象就是徐福形象逐渐由人演变为神，徐福的史实记载内容逐渐被作为文人的创作素材而加以发挥，并且不断加以神化。徐福则逐渐成为一种不折不挠、无所不能的精神象征。这一点，最具代表性的作品要数宋代李舫的《太平广记》中一段有关徐福的记载：徐福字君房，籍贯不详。秦始皇时，西域大宛国有很多冤死的人横尸在野外道旁。有些鸟衔来一种草盖在死人脸上，死者就立刻复活了。官府把这件事奏报给秦始皇，秦始皇就派人带着这种草到北城请教鬼谷子。鬼谷子说这草是东海里祖洲的不死草，一株不死草就能救活上千人。秦始皇于是派徐福带着童男童女三千人，乘着楼船出海去找祖洲。然而徐福出海后一去不回，不知去了什么地方。后来沈羲得道成仙时，道家始祖黄帝和老子派徐福为使者来接沈羲升天。徐福乘白虎车与乘龙车的度世君司马生、乘鹿车的侍郎薄延之一道来人间迎接沈羲。从此人们才知道徐福已经得道成仙了。到了唐朝开元年间，有个读书人得了个半身枯瘦变黑的怪病，请了宫中的御医张尚容等来看也没看出是什么病。后来，病人来到山东登州的大海边，登船离开。在海上漂流了十几天，他登上了一座孤岛，见岛上有数百人，好像正在朝拜什么人。读书人上岸后，见岸边有个女人在洗药，就向她打听他们都是些什么人。那女人朝远处指了指说：“你看那边在大床上坐着的白发老翁，那就是徐君，大家都在朝拜他。”读书人又问徐君是什么人。女人说：“你没听说过秦始皇时出海求仙的徐福吗？他就是徐福。”过了一会儿，朝拜的人都散了，读书人就上前拜见徐福，说了自己的病情，请求徐福救治。徐福说：“你得的是必死的病，但遇到了我，你就能活了。”徐福治好了他的病后，他请求留下做点事。徐福说：“你是在人世上有官位的人。留在这儿不合适，我会让你乘着东风回去。”临别，徐福又给了他一袋黄色的药，说能治百病。读书人回到登州以后，把药献给了宫中。当时唐玄宗把药给病人服用，病人服后立即痊愈了。
整个故事可谓神乎其神。
至于徐福东渡与中日关系的意象结合，则在历代的文学创作中屡见不鲜。唐元和元年（806年）三月，僧人空海回国途经越州，朱千乘、鸿渐等人赋诗相送，僧人鸿渐写了一首《送空海上人朝谒后归日本国》：
禅居一海隔，乡路祖洲东。到国宣周礼，朝天得僧风。山冥鱼梵远，日正辱楼空。人至非徐福，何由寄信通。
这大概是文献所见“祖洲”、“徐福”与“日本”意象结合的最早史料。
隋唐时期，是日本与我国交往的第一个高峰期，日本曾向我国派遣了二十多批遣隋使和遣唐使，我国也曾派遣过大量的迎送使节，两国友人、僧侣、学者之间的交往，时常以徐福文化作为一种友谊的象征而在诗文中互相唱和。日本的弘顺法师与我国的义楚和尚以谈徐福传说来颂扬中日人民的传统友谊；日本僧人圆载，来华留学约四十年后回国，他的好友唐代著名诗人皮日休为他饯行，曾写有一首《重送圆载上人归日本国》，其中有“无限属城为裸国，几多分界是澶洲”的诗句。也以徐福求仙轶事来揭示两国人民的传统友谊。
明洪武九年（1376年），日本高僧无学祖元的第四代弟子中津绝海来中国留学。明太祖知道后就在英武楼召见了他。谈话间，明太祖问起日本熊野徐福庙古迹，中津绝海法师即席作了一首《应制赋三山》绝句：
熊野峰前徐福祠，满山药草雨余肥。
只今海上波涛稳，万里好风须早归。
明太祖看到这首诗后，兴致即起，当场步中津绝海诗韵和诗一首：
熊野峰高血食祠，松根琥珀也应肥。
当年徐福求仙药，直到如今更不归。
1402年，明惠帝派遣禅僧道彝天伦和一庵一如出使日本，二位法师在日本碰到了中津绝海高僧，中津绝海捧示朱元璋御赐诗轴向两位中国法师求和诗。道彝天伦和一诗：
采药秦人旧有祠，春风几见术苗肥。
老僧曾到中华国，御笔题诗赐远归。
一庵一如也和诗：
挂锡龙河古佛祠，一生高洁厌轻肥。
赋诗诏入金銮殿，携得天香满袖归。
中日诗歌联珠，堪称绝唱。值得注意的是这些唱和期间正是倭寇骚扰我国东南沿海之时，愈显和平友好环境的弥足珍重。
“海上有仙山，山在虚无缥缈间。”徐福入海求仙的故事亦真亦幻，但他的东渡却拉开了中日友好往来的序幕。如今，那些传奇故事已随时光消散，但中日民间维系和平友好的厚望却不曾改变。