微量元素的生理功能归纳成以下几个方面：
（1）某些酶的成分。大多数微量元素都是某些酶的组成成分，如铁是细胞色素氧化酶、过氧化物酶、过氧化氢酶的成分；锰是脱氢酶、羧化酶、激酶、氧化酶的成分；铜是多种氧化酶的成分；锌是碳酸酐酶的成分；钼是硝酸还原酶的成分。
（2）参与体内碳氮代谢。微量营养元素积极参与植物体内碳水化合物和蛋白质的代谢作用。如硼能促进碳水化合物的运输，有利于蛋白质的合成，并能促进籽粒的受精作用；锰能促进氨基酸合成肽，有利蛋白质合成，也能促进肽水解生成氨基酸，并运往新生的组织和器官；锌与碳水化合物的转化有关，也能促进蛋白质的合成；铜对氨基酸活化及蛋白质合成有促进作用；钼能促进豆科植物固氮。
（3）与叶绿素合成及稳定性有关。铁是合成叶绿素时所必需的，植物缺铁会导致叶绿体结构破坏；锰直接参与光合作用过程中水的光解；叶绿体中含有较多的铜，它不仅与叶绿素合成有关，而且能提高叶绿素稳定性，避免叶绿素过早地被破坏。
（4）参与体内的氧化还原反应。铁与有机化合物结合后，能提高其氧化还原能力，以调节体内氧化还原状况；铜是植物体内很多氧化酶的成分，它以酶的方式积极参与体内氧化还原反应；锰参与氧化还原反应，影响硝酸还原作用。
（5）促进生物固氮。钼能促进豆科植物固氮，豆科植物缺钼表现为根瘤发育不良，根瘤少且小，降低固氮能力。铜对共生固氮作用也有影响，当植物缺铜时，根瘤内末端的氧化酶的活性降低，而使固氮能力下降。
（6）促进生殖器官的发育。硼对植物生殖器官的发育有特殊的作用，它能刺激植物花粉的发育和花粉管的伸长，有利于籽粒受精。甘蓝型油菜的“花而不实”，棉花的“蕾而不花”，小麦的“穗而不实”，花生的“有壳无仁”，以及果树的坐果率低、果实畸形都是缺硼的表现。