前军都督府
在京
天策卫（后分为保安卫及保安右卫） 龙骧卫（调北京） 豹韬卫（调北京） 龙江卫（后改为龙江左卫） 飞熊卫（调北京）
在外
直隶
九江卫
湖广都司
武昌卫 武昌左卫 黄州卫 永州卫 岳州卫 蕲州卫 施州卫 长沙护卫 （革） 辰州卫 安陆卫（后属行都司，改承天卫） 襄阳卫 襄阳护卫（后俱 属行都司） 常德卫 沅州卫 宝庆卫 沔阳卫（后属兴都留守司） 长沙卫 茶陵卫 衡州卫 瞿塘卫（后属行都司） 镇远卫 平溪卫 清浪卫 偏桥卫 五开卫 九溪卫 荆州左护卫（后为荆州左卫，属行都司，改显陵卫 ） 荆州中护卫（革） 靖州卫 永定卫 郴州千户所 夷陵千户所（后属行都司） 桂阳千户所 德安千户所（后改属兴都留守司） 忠州千户所（后属行都司） 安福千户所 道州千户所（革） 大庸千户所 西平千户所（革） 麻寮千户所 枝江 千户所（后属行都司） 武冈千户所 崇山千户所（革） 长宁千户所（后属行 都司） 武昌左、右、中三护卫（左改东昌卫，右改徐州左卫，中改武昌护卫。）
福建都司
福州中卫 福州左卫 福州右卫 兴化卫 泉州卫 漳州卫 福宁卫 镇东卫 平海卫 永宁卫 镇海卫
福建行都司
建宁左卫 建宁右卫 建阳卫（革） 延平卫 邵武卫 汀州卫 将乐千户所
江西都司
南昌左卫 南昌前卫 袁州卫 赣州卫 吉安卫（后为千户所） 饶州千户所 安福千户所 会昌千户所 永新千户所 南安千户所 建昌千户所 抚州千户所 铅山千户所 广信千户所
广东都司
广州前卫 广州左卫 广州右卫 南海卫 潮州卫 雷州卫 海南卫 清远卫 惠州卫 肇庆卫 广州后卫 程乡千户所 高州千户所 廉州千户所（后为廉州卫） 万州千户所 儋州千户所 崖州千户所 南雄千户所 韶州千户所德庆千户所 新兴千户所 阳江千户所 新会千户所 龙川千户所