木叶村，忍者学校又开始了一年一度的新生入学仪式，开学前两个红头发的小孩子引起了大家的注意，而领着两个小孩子的正是刚刚卸任暗部特工职务的棋木夜刃，棋木夜刃已经以特别上忍的身份加入上忍班，会在很长的一段时间内在村子和火之国大名府来往，火之国大名的孙子加藤长信被准许进入忍者学校学习，并尽可能的选择名师指导。
棋木夜刃一手拽一个，两个红头发的小鬼一个叫漩涡鸣人，一个叫漩涡香燐，漩涡香燐九岁，漩涡鸣人八岁。棋木夜刃领着两个小鬼走到报名处前，笑着说道：“小辣椒漩涡香燐，九岁。冬瓜漩涡鸣人八岁。”中忍说道：“你是？”棋木夜刃笑着说道：“我是他们的监护人，上忍棋木夜刃。”中忍笑着问道：“卡卡西前辈的族人吗？”棋木夜刃说道：“嗯。”
此时，负责报名的忍者学校副教育长林宁小声的对着中忍说道：“在监护人后面写上大人两个字。”中忍疑惑的问道：“为什么？”林宁说道：“上忍棋木夜刃在暗部被称作鬼刀，是继白牙前辈之后第二个超一流的刀术高手，曾经是暗部的高管，曾兼任暗部秘技组第一分队队长的职务。”中忍一脸崇拜的说道：“嗨。”
棋木夜刃领着漩涡香燐和漩涡鸣人走进了大教室内，此时大教室内已经座无虚席，棋木夜刃让漩涡鸣人和漩涡香燐坐在一起，随即起身走到了门口，问道：“都来了吗？”一名中忍说道：“大人，还有棋木太一没到。”棋木夜刃说道：“去催一催吧。”中忍说道：“嗨。”很快，棋木夜刃就看到旗木卡卡西领着一个小孩子到了门口，棋木夜刃笑着说道：“当爹的滋味不好受吧。”旗木卡卡西说道：“他可不是我儿子，以后就看你的了。”
人数到齐之后，棋木夜刃立刻关上门，朝着中忍海野伊鲁卡和上杉铭一郎说道：“可以了。”海野伊鲁卡随即将一个装满号码的纸箱捧在手里面，走到前台说道：“都听好了，这个纸箱子内有你们的号码，然后一个个的来选，选到号码的坐好，会有相应的老师带你们离开，都听明白了吧。”
教室内一声声稚嫩的声音响了一遍，然后海野伊鲁卡开始让孩子们选号码，棋木夜刃走了出去，门外站着数十名中忍老师，棋木夜刃说道：“进去之后，按照号码分配学生，每一个班名额规定在三十五人左右，从第一班到第十班是额定三十人的班级，这些班级都会有一些有特殊能力的学生存在，他们将是你们培养的核心。”一众中忍说道：“明白了。”
分班结束后，棋木夜刃走出了忍者学校，宇智波佐助和漩涡鸣人分在一个班，其他的小强们都分在了一个班级，海野伊鲁卡是第三班的班主任，木叶十二小强都在一个班级内。
三代火影办公室内，三代火影猿飞日斩召集上忍们开会，志村团藏和一帮子火影顾问都来了，白云叶山和奈良鹿重也回到了村子，首先是志村团藏开口说道：“有一个事情，根两名忍者在执行一项秘密任务的时候，突然失踪，至今活不见人死不见尸。”棋木夜刃问道：“这和我们上忍班有什么关系？”志村团藏说道：“至少根还是木叶村的部队。”棋木夜刃说道：“呵呵，我可不见得，所以这个任务我不会接受，先告辞了。”
离开火影办公室，棋木夜刃漫无目的的游荡在木叶村的街道上，抬头看见了火影岩上的四个火影头像，然后似乎想起来什么直接用飞雷神传送到了火影岩的内部入口处，一个个地方走动着，然后发现了一个十分可疑的地点，右手轻轻的触摸着角落的岩壁，然后一张十分怪异的起爆符被发现了。
然后棋木夜刃笑了，一路走过去数百张起爆符都被发现了，然后一个瞬移进入了火影大楼内，一屋子的上忍和火影顾问们惊呆了，棋木夜刃笑着说道：“相比两名失踪的根忍者而言，我手上的这些东西更要引起注意。”一堆一百余枚起爆符被放在了桌子上。棋木夜刃说道：“刚刚去火影岩上转了一圈，意外的发现了这些东西，不过好像都已经失效了。”三代火影看得仔细，说道：“这是当年阳炎村使用的起爆符，不过已经全部失效了。”
棋木夜刃说道：“这么说来，村子里还隐藏着阳炎村的幸存者了。”志村团藏说道：“根会彻底铲除这些祸根们。”三代火影挥手制止了志村团藏的动作，说道：“先要找到剩余的起爆符，上忍们行动起来吧。”