从东汉末年开始，我国再一次出现各种势力割据一方的局面。
即使在这种情况下，受汉王朝重视的儒学思想依然受到当时国人的重视，但此时其他思想派别也大量涌现，这些思想的出现对儒学的发展也带来了很大的影响。
一、总论
魏晋南北朝时期，受当时政治社会等因素影响，儒学出现了南学和北学之分。
同时，这一时期佛学、玄学的兴起也一方面对儒学产生了冲击，激起了如佛之争、儒玄之争等争论，另一方面也促进了儒学研究范围的扩展。
儒学发展
汉朝灭亡以后，我国历史进入三国两晋南北朝的封建割据时代。首先是在汉魏之际，曹操崛起于北方，其所遵循的思想和采取的政治措施皆为名法之治而重道德名节，从而影响了整个时代。
在思想理论上，体现道法结合的刑名之学曾一度占据主导地位。
到了魏晋之际，道法的结合逐渐趋于破裂，以道家思想为骨架的玄学思潮开始扬弃魏晋早期的名法思想，转而批评儒法之士。这样，魏初在道法结合的基础上形成和发展起来的玄学进一步得到强化。
到了西晋后期，玄学思潮同极端发展，至此，玄学所主张的放达，无论从理论上，还是从行为上，都对封建政权构成破坏瓦解的作用，故引起玄学内部及儒家学者的不满，从而掀起对道家和玄学的批判思潮。
到了东晋时期，佛教的流行，特别是佛教般若学的发展，在很大程度上是借助于道家、玄学的思想、语言及方法，故出现玄佛合流的趋向。
因此，这一时期的儒家学者，除继续批判道家、玄学外，又以儒家的入世主义和人文传统批评佛教。他们站在维护儒家名教的立场上，分别从经济、政治、思想、文化、伦理等方面清算佛教的影响，力图恢复儒学的正统地位，但都缺乏足够的理论系统和创造性。
到了南北朝时期，在我国思想文化领域出现了不同于两晋时期的新形势，玄学思潮归于沉寂，佛、道两教继续发展。
佛教大量译经，广泛流行，渗透到政治、经济、社会、民俗及文化的各个层面，儒学面临严峻挑战。由于佛教的急剧膨胀，使原来儒、玄、佛、道的相互关系及其历史格局发生新的变化。
儒家学者在思想、文化上的批评焦点，由老庄玄学转向佛教，出现了大批反佛思想家。
尽管魏晋南北朝时期我国文化的发展趋于复杂化，但儒学不但没有中断，相反，却有较大发展。这一时期，孔子的地位及其学说经过玄、佛、道的猛烈冲击，脱去了由于两汉造神运动所添加的神秘成分和神学外衣，开始表现出更加旺盛的生命力。
就魏晋南北朝的学术思潮和玄学思潮来说，都在一定程度上反映了当时一部分知识分子改革、发展和补充儒学的愿望。
他们不满意把儒学凝固化、教条化和神学化，故提出有无、体用、本末等哲学概念来论证儒家名教的合理性。他们虽然倡导玄学，实际上却在玄谈中不断渗透儒家精神，推崇孔子高于老庄，名教符合自然。
此时期虽然出现儒佛之争，但由于儒学与政权结合，使儒不始终处于正统地位，佛、道两教不得不向儒家的宗法伦理作认同，逐渐形成以儒学为核心的三教合流的趋势。
儒者的排佛观点
南北朝时期出现了著名的儒佛之争，这一争论可以表现在观点上、言论上和实际行动方面。
儒家在论及佛教的孝道伦理问题时，多半采取主动攻击、质疑的姿态，体现出其以华夏正统自居和面对异端侵入时那种居高临下、义正辞严的气势。
同时，佛教的流行使儒家的固有观念受到冲击后，面对一种崭新的、需要作出价值认定的情况时不自觉地流露出某种困惑和恐慌。
儒家著作《理惑论》指责佛教始祖释迦牟尼“以父之财施与远人，国之宝象以赐怨家，妻子丐与他人”的行为是“不敬其亲而敬他人”、“不爱其亲而爱他人”，是违礼悖德，不仁不孝。
这里对佛教的质疑全是针对沙门的形貌和事迹而发。儒家在辩难过程中，把儒家经典中的说法当作论辩双方都得承认并遵守的天经地义、不言自明的公理，以之来作为衡量孝与不孝的标准。它很能反映出儒家的文化优越意识。
东晋孙绰的《喻道论》中也记述了当时儒家对佛教徒的论难。论难的内容和思路与《理惑论》基本相同。这个现象一方面说明对于当时的中国人来说，佛教的某些教规、行迹确实太过新奇怪异，与儒家传统观念习俗明显相违，这也是其最初在中国立足的一个主要障碍。
另一方面也说明从2世纪末的牟子时代一直至这个时候儒家对于佛教在孝道伦理方面做不出更深层次的追问，因而不得不在表面形式上反复作文章。
总起来看，东晋以前儒家只是就事论事的针对孝道伦理的有关具体问题提出看法和质疑，试图通过伦理道德上的评判驳倒佛教。
东晋时代佛教日益发展壮大，在桓玄主政之前，既有体现前一阶段儒佛辩难特点的《喻道论》，又有后来批判佛教“无孝”并将之与王朝治乱相联系的庾冰“沙门应尽敬王者论”以及多年后慧远的相应辩护。
自桓玄首次公开指责佛教“伤治害政”后，儒家主要是以国家的名义从政治、社会、经济、伦理等方面全面否定佛教。一切其它问题的涉及，包括佛教的“无孝”成了证明佛教“伤治害政”的理由。
儒者的排佛言论
在封建社会中，占有土地和劳动力是地主阶级的统治集团赖以巩固其统治的基础，儒学在根本上是维护这个基础的，而佛教僧侣的大量占田与大量僧徒的现象的存在，则与世俗地主的现实利益发生矛盾。
同时，在一定程度上影响中央集权制。因此，统治集团对于寺院经济与僧徒的发展又不能不在一定程度上使用行政手段，实行限制，乃至不惜采取毁佛的粗暴做法。
南朝宋孝武帝时，周朗上奏指责沙门奢侈腐败，破坏礼教、动摇国本。
梁武帝时，郭祖深抬棺上奏，指责佛教影响国家经济，破坏礼法。
原与梁武帝为布衣之交的荀济上书排佛，其例举的理由最为全面，一是佛教破坏儒教纲常名教；二是佛教影响经济，僧尼不事生产；三是僧尼奢侈妖妄、蛊惑人心，夺君主之“德尝”、“刑罚”，“法席聚会，邪谋变通，危胁国家政权。宋齐崇佛而亡，梁今崇佛也有亡国之虞。”梁武帝见此奏大怒，要将荀济处死，他吓得逃亡北魏。
北朝的儒者排佛的舆论更有声势，上书奏言者有阳周、李炀、张普惠、刘昼、章伊子陀等人较为著名。杨衒之则撰《洛阳伽蓝记》，借记术洛阳寺塔典故表达佞佛无益于国的道理。
两次灭佛事件
儒生的排佛言论，也许并没有给佛教的发展带来太大的影响，而当时北朝却发生了予佛教以沉重打击的灭佛事件。我国中世纪史上“三武一宗”的灭佛事件，其中的前两次都有发生在北朝，当权者实行灭佛政策大多都打着“尊儒”的旗号。
北朝从魏武帝时就开始尊崇儒家学说，重用儒者，而太武帝继之尤甚。当时北朝的灭佛运动也是有原因的，从根本上来说封建王朝是以儒家学说为政府根据的。
当时的一份诏书上说：“昔后汉荒君，信惑邪伪，妄假睡梦，事胡妖鬼，以乱天常，自古九州之中无此也。由是改教不行，礼义大坏，鬼道炽盛，视王者之法，蔑如也。”
从这份诏书可以看出，魏太武帝利用儒家的夷夏之论，指责佛教为“胡禅”，给佛教加上破坏儒家的“政教”、“礼义”等纲常名教的罪名。他以继承华夏正统自居，以恢复儒家的德治之世为号召，来推行灭佛政策。
到了北周时期，自宇文泰以来就“崇尚儒术”，按《周礼》设置六官，宇文护专权时还以“周公”自居。
周武帝亲政后多次在朝堂上亲讲《礼记》，并集百僚、沙门、道士讨论三教优劣，周武帝以儒教为先，道教为次，而佛教为最末。
他认为“六经儒教之弘政术，礼义忠孝，于世有宜，故须存玄。”而“佛生西域，寄传东夏，原其风教，殊乖中国。朕非王胡心无敬事，既非正教，所以废之。”可见周武帝灭佛主要理由是为以儒学维护统治，以华夏正统的身份废除夷狄之法的佛教。
佛教是一种外来的文化现象，它需要用文化的手段来加以消化，使之与我国本土文化的主体交融，但使用行政手段强制废除是错误的，也是行不通的。
结果是在魏武帝灭佛后，便有文帝的兴佛；周武帝灭佛后，又有宣帝、静帝之兴佛。
在历史上，佛教时兴时灭主要取决于统治者的需要，而且主要是出于其政治、经济上的需要，当然，也与他们在文化政策上选择儒学作为官学有关，其实，儒学也不过是他们一种统治思想工具罢了。
南学
南学，即指南朝经学，当时南朝儒生发展魏晋学风，除《诗》、《三礼》采用郑玄笺注外，《周易》用三国魏王弼注，《尚书》用伪孔安国注，《左传》用晋杜预注。
他们讲经兼采众说，也取玄学，不拘家法，随意发挥。又受佛教影响，所作义疏比经注更为详尽。
南学的兴盛期在梁代，现存的代表作品为梁朝黄侃的《论语义疏》。
北学
北学，即指南北朝时北朝的经学。当时北朝的经师，《周易》、《尚书》、《毛诗》、《三礼》都用郑玄注，《左传》用服虔注，《公羊传》用何休注。
北学拒斥老庄之玄虚，继承东汉学风，以章句训诂为学问，比较朴实。但他们墨守经师家法，不敢别出新义，撰述不多。徐遵明、熊安生等为其代表人物。所撰经注，清朝马国翰《玉函山房辑佚书》有辑本。
儒学与玄学
玄学是道家和儒家融合而出现的一种哲学、文化思潮，是对《老子》、《庄子》和《周易》的研究和解说，它产生于魏晋，是魏晋时期的主要哲学思潮，因此又称“魏晋玄学”。
玄学观念应出自《老子》，王弼注《老子》时，曾提出探索万物根源、本体等层次的观念。对于当时所流行的相关论题，魏晋人又称为“名理”之学，详加分析事物观念，考究形名、言意等论题。
汉末随着儒家经学的衰微，受到党锢之祸的诸儒学名士遭到政治暴力的摧残与压迫，一变其具体评议朝廷人物任用的当否，即所称清议，而为抽象玄理的讨论。
另一个原因就是魏初正始年间的改制运动，倡自何晏、夏侯玄。作为一种新思潮的魏晋玄学，它吸收道家精神形态，所讨论的问题，是从《周易》，《老子》，《庄子》三本经典而来，以老庄思想为骨架，究极宇宙人生的哲理，即“本末有无”的问题，以讲究修辞与技巧的谈说论辩方式而进行的一种学术社交活动。
玄学的发展并非要取代儒家，而是要调和儒道，使儒道兼容。
魏晋玄学可分前后两期。魏末西晋时代为清谈的前期，是承袭东汉清议的风气，就一些实际问题和哲理的的反复辩论，也与当时士大夫的出处进退关系至为密切。这一时期，玄学在理论上有老或庄之偏重，但主要的仍是对于儒家名教的态度，即政治倾向的不同。
正始时期玄学家中，以何晏、王弼为代表，从研究名理而发展到无名。而竹林时期玄学家以阮籍、嵇康为代表，皆标榜老庄之学，以自然为宗，不愿与司马氏政权合作。
元康时期玄学家以向秀、郭象为代表。已失去政治上的实际性质，仅止作为名士身份的装饰品，并且与佛教结合，发展为儒，道，佛三位一体的趋势。
正始石经
正始石经，又名《魏石经》、《三体石经》，是三国魏时刊刻的碑石经书。它刻制于正始二年，遗址在今河南省偃师县佃庄乡。
石经刻儒家典籍《尚书》、《春秋》两书，是用篆文、古文、隶书三种字体书写的。北朝时期正始石经多次迁移，并遭毁损。现在最大的一通残石分为半块，一通存于中国历史博物馆，一半存河南省博物馆。
二、儒学名家
三国两晋南北朝时期，政治不稳定，各种哲学思潮时兴时衰，这对儒学的发展产生了很大的影响。
这一时期的儒学名家中，有很多人既是儒学学者，又精通道家等思想，这些人物的出现对儒学的发展影响很大。这一时期的儒学名家有何晏、王弼、王肃等。
何晏
何晏，字平叔，河南南阳人。三国时期魏国儒学学者，玄学家。汉大将军何进之孙，其父早逝，曹操纳其母尹氏为妾，何晏被收养，为曹操所宠爱。
少以才秀知名。娶魏金乡公主。服饰拟于魏太子曹丕，故为曹丕所憎，称其为“假子”，文帝时未授官职。
何晏与当时的夏侯玄、王弼等倡导玄学，竞事清谈，遂开一时风气，为魏晋玄学的创始者之一。
在思想上重“自然”而轻“名教”，与其仗势专权的实际行为多相乖违。
何晏主要著作有《论语集解》10卷、《道德论》两卷。今存《论语集解》、《无名记》、《无为论》、《景福殿赋》等。
王弼
王弼（226年～249年），字辅嗣，山东邹城人。魏晋玄学理论的奠基人。王弼出身官僚世家，其曾外祖父是东汉末号称“八俊”之一、身为荆州牧的刘表。