《黄帝内经》将五行学说引入医学，将五行配属五脏、五体、五志、五官等来论述其间相互生克制化的规律，用以解释医理。这种生克变化已经脱离了事物本质而存在，与五材说有本质的不同。用这一理论来解释医理，脱离了研究对象“人”本身来谈医学，不是对人体本身进行研究，而是将人体的生理、病理在五行生克变化之中加以阐述。当这一理论确立之后，《黄帝内经》的框架基本形成，即通过对五材自然属性的观察及五行相生相克的联系，总结出五行的特点，用五行的特点代替五脏的特点，这便是五行学说对中国传统医学的理论形成的影响。
《希波克拉底文集》的理论依据是四体液学说。四体液学说认为人体由四种基本的液体组成，即血液、黏液、黄胆汁和黑胆汁。这四种体液各按一定的比例处于人体之中，保持一定的平衡时，人体便不发生疾病。当这种平衡被打破，人体就会产生疾病。这种思想来自于古希腊哲学家恩培多克勒的四元素学说，但它又超出了四元素学说的限制，对人体进行积极的探索，通过研究对象“人”的四种体液来解释说明各种疾病，以及确定治疗原则及治疗方法。这就允许人们对人体内部的可实证可研究的物质进行研究，这看似简单的一小步，却为日后东西方医学千差万别的结果提供了可能。
《黄帝内经》中对解剖的论述散见于各篇中，主要集中于《灵枢·骨度》《灵枢·肠胃》及《灵枢·经水》，其中有很多结论与近现代解剖学十分接近，如《灵枢·肠胃》所记载的消化道与食管长度之比为55.8∶1.6，这同现代解剖学斯巴德何辞的《人体解剖图谱》中的885∶25基本相等。但由于当时社会的伦理、道德、法律及自身的知识结构、观念等的束缚，《黄帝内经》指出的解剖学方向没有被很好地继承下来，凡是不能纳入阴阳五行体系之中的东西，尽管它们是客观真实的内容，也一概加以闲置。所以，中国古代医学的解剖学一直没有发展起来，仅停留在研究对象外部的类比及纯理论的研究，而对研究对象内部认识不清。这些都注定了中医学不可能突破2000年前确立的阴阳五行的理论体系框架，使得此后的中医学发展只有量的扩张，而没有质的飞跃。
《希波克拉底文集》在《古代医学论》《神圣病论》和《头部外伤论》中对于解剖有详细的论述，加之在《外科论》《骨折论》《关节论》《整复论》这四篇中通过对外科及伤科疾病的认识，以及间接地对解剖的论述，都表现出其对人体结构知识的掌握。虽然有些论述我们今天看来并不完全正确，但却为后世指出了研究医学首先要研究人自身内部结构的方向。希波克拉底在解剖方面的论述与他的四体液学说结合得并不是很紧密。因此，其后的医家选择解剖作为研究方向，摆脱了四体液理论的束缚，通过对人体构造的正确把握，才使得西方医学的发展继续沿着科学的方向前进。
张之洞《劝学篇》：“中学为内学，西学为外学；中学治身心，西学应世事。”东方文化从整体、宏观上“归纳”，西方文化从微观上“分析”。中医诊断归纳出“证”来，西医用仪器诊断出微观的“病”。中医治病以调理平衡为目的，如“阴平阳秘，精神乃治，阴阳离决，精气乃绝”；西医以对抗为主，如抗菌、消炎。中医防病以精神调理为主，如“恬淡虚无，真气从之，精神内守，病安从来”，西医以消灭病原微生物为主。总的来说，中医对待疾病是以人的整体为基础，由整体、宏观入手进行疾病的辨治。西医对待疾病是以人体的细胞、组织器官为基础，由局部、微观入手进行疾病的治疗。
中医治病讲究辨证论治，就是根据患者的症状得出患者的证候，就如感冒，我们很多人都知道热感冒和冷感冒，其实这也就是中医上的风寒和风热，这里的风寒和风热就是证候。即只有先分析出是风寒还是风热，才能决定用祛寒药还是散热药。只有分析出患者的证候，才能决定用药的方向。不仅如此，中医在治疗已有症状的前提下，更注重的是机体整体功能的调节，还会考虑自然与社会的因素，其目的是维持人体功能的平衡、人与自然的和谐、人与社会的和谐，从而保证人的身心健康，这也就是中医的整体观念。其实，辨证论治和整体观念也就是中医的精髓所在。俗话说：“多吃神造的，少吃人造的。”中医药来源于自然界的万物，是大自然的馈赠，其本身就蕴含着大自然的和谐。另外，“治未病”是中医的重要思想，也就是要预防疾病的发生。其实我们很多人都处于亚健康状态，也就是说，我们平常会感觉身体不舒服，但去医院检查各项指标又都正常，这种情况往往会潜伏着危机，这时我们应及时用中医的方法调节。与中医相比，西医治病更贴近患者症状，侧重于局部，可以说是哪痛治哪，这就会使患者的症状很快得到减轻，这在生活节奏越来越快的今天为大多数人所接受。西医以高科技成果为基础，在外科手术、传染病控制、动物实验、免疫技术、器官移植、基因工程、干细胞工程、新药物筛选等方面，开辟了广阔的道路，为人类医学的发展做出了不可磨灭的贡献。但由于西医对人的特殊性不够重视，侧重人的生物性，忽视人的心理、感情、行为、社会、环境等方面的因素。过于侧重人体的局部直至微观机制，而忽视人体的整体相关性与宏观调理，导致其虽救活了一些人，但也使不少人留下严重的后遗症。
1.3.2从东西方文化看中医和西医的差异
文化的核心是观念的共识，不同的政治、经济、社会环境造就了不同的文化观念，产生了不同特性的西方文化和东方文化。东方文化的核心是人本主义的核心论，它重视人的存在和生存问题，对个人的成就比较忽略，重集体轻个人。西方文化的核心是强调个体自由度的发挥，具有个体性特性，所以，西方文化可称之为“个体文化”。整个西方文化是建立在《希腊古典神话》与《圣经》的基础之上，整个东方文化是建立在《易经》的基础上，也受后来的佛教与儒家思想影响。《圣经》记载，神照着自己的形象造人，照着他的形象造男造女。在圣经中神的形象被定义为父神；而东方关于人类起源的传说，却是女娲造人，神的形象被定义为母神。整个西方的数学、哲学，包括语言体系都是向外衍生式的；而整个东方的数学、哲学，包括语言体系都是向内归纳式的。可以说，文化是有性别的，东方文化属于阴性文化，西方文化属于阳性文化。
由于东西方历史文化背景的差异，导致两种医学体系在价值取向、思维方式上仍有很大不同。中医对待疾病采取调解性治疗，而西医则采取对抗性治疗。西医一定要找到病因然后采用有针对性的手段将其杀灭，如病因不明就很难下手，其注重的是外来干预；中医则不然，中医的治疗思路是改变患者机体内环境，使有利于疾病发生发展的条件发生改变，从而达到延缓疾病进程或治愈的目的，中医注重的是唤起人体内在的抗病能力。肿瘤治疗如果以直接杀灭癌细胞多少为指征，中医的疗效肯定比不上西医，中医的长处在于改变产生癌细胞的身体内在环境，调整因癌症的发生和进展导致的各种生理功能的紊乱，间接达到抑制癌细胞演变和生长、改善机体健康的目的。中医治癌症虽然没有直接杀灭癌细胞，但却可以延长患者的生存期，减轻症状，提高生活质量，与西医相比有异曲同工之妙。以一般民众的观点来看，西医治疗就像硬碰硬，中医治疗则像打太极，以柔克刚。有观点认为中医看病注重整体状况的调节，是只见森林不见树木；西医治病则更为看重局部病变的解决，相对忽视全身状况的调整，是只见树木不见森林。还有人说西医治病，中医治人。这些说法在一定程度上反映了中医重视整体、重视宏观，西医重视具体、重视微观的学术特点。也可以说，中医是整体的、联系的；西医是分析、还原的；中医更注重关系，西医更注重实体。
1.3.3从医学的学术思想看中医和西医的统一
虽然中西医的思维存在巨大差距，但其学术思想是统一的。其统一性主要表现在两个方面：一是治疗对象的统一。中西医的治疗对象就是一个，那就是人类本身。不论是中医还是西医，不论从整体观还是从微观的角度去观察和分析问题，也不管是用什么治疗方法和治疗措施去治疗疾病，我们的治疗对象也就是说我们的研究对象是统一的，只是我们在研究过程中，利用了不同的方法研究而已。这种方法上的不同造成了学术流派的差异，但从整体角度上来说都是在各自不同的历史长河中的产物，是有历史继承性的精华部分，是人类文明发展的智慧结晶。二是治疗目的的统一。中西医不但研究的对象是统一的，而且研究和治疗所达到的目的也是统一的，目的都是让患者通过治疗，恢复身体的各项功能，提高人们的生活质量，达到自然和谐的生活状态。
医学的进步在癌症的治疗上卓有成效，其治愈率由50年前不到10%已上升到50%以上，但仍有相当多的癌症患者没有获得理想的疗效。在临床上，为什么同一种治疗方案对同样的癌症患者效果明显不同？为什么同一类癌细胞具有不同的侵袭与转移能力？为什么同一种抑癌基因却有着不同的抑制癌细胞生长的作用？目前认为，产生上述问题的主要原因是肿瘤细胞的异质性，即癌细胞的个体化特性。肿瘤生物学的个体化决定了癌症治疗的个体化。由于患者后天生活所处自然环境、社会环境对心理、体质和生活习惯的改造，以及父母先天遗传特质不同的影响，直接导致肿瘤患者在疾病的发生、发展和结局过程的差异，也决定了癌症治疗的个体化。当今所提的“个体化医学”一词最早见于1956年美国得克萨斯州大学生化研究所所长威廉斯所著的《生化学个体性》一书，但一直未引起足够的重视，仅个别文献有所提及。直到2001年，基因组学工作的巨大进展才使人们重新认识到个体化医学的重要性，一个完全以每位患者为中心的现代个体化医学的新时代才真正逐渐开始。但个体化医学并不是一个崭新的概念，中医强调个体的独特性，有着悠久的历史。中医在疾病诊断和治疗过程中，会考虑患者的先天禀赋与后天因素、年龄、性别、体质，患病后所表现出的病理性体质和病症属性不同，故需要“因人制宜”地为患者制定适宜的治法和方药，这充分体现了“辨证论治”的个体化医疗思想。中医与西医在治疗个体化这个平台上站到了一起。
21世纪的医学将更关注预防，西方医学亚健康概念的提出，在某种程度上支持了中医“治未病”的理念，中医在“既病防变，瘥后防复”方面积累了丰富的经验，并经过了实践的验证。“未病先防，既病防变，瘥后防复”同样适用于现代西方医学的预防与保健，所以在未来健康管理及预防医学方面，中医与西医将有更多的合作与互补。
中国传统医学经历了无数次的朝代更替和数千年的历史变迁，能够流传至今且依旧兴盛不衰，说明它的作用是毋庸置疑的。它来源于古代先人的生活实践，所以简单实用，能够为广大民众接受；它的理论是以中国古代哲学中的精气、阴阳、五行理论为基础的，所以它并不缺乏科学性；更重要的是它经过了数千年中国文化的沉积，经过了各代医家的发展和丰富，其理、法、方、药都形成了自己独特的理论体系。中医药在治疗疾病时更加注重人体自身、人与社会、人与自然的关系问题，这也就是其优于西医的最重要之处。