1248年，多米尼克修会在巴黎召开代表会，会上决定在德国、意大利和英国等地开设新学院，扩大教育网点。大阿尔伯特奉命赶赴科隆主办多米尼克修会的神学研究院时，特意把托马斯·阿奎那带在身边，让他参加注释亚里士多德的著作、汇编百科全书和编写大学教材等许多工作。大阿尔伯特所进行的这种工作，是一种新的尝试，同时也确确实实为托马斯·阿奎那后来用亚里士多德学说改造经院哲学理论体系打下了坚实的基础。
在老师的精心照顾和重点培育下，经历四年寒窗，托马斯·阿奎那以优异的成绩获得学士学位，并晋升为神父。
老师大阿尔伯特也对自己的高才生信心十足，一心想把托马斯尽早捧上讲坛，开展新思想的宣传。恰巧当时巴黎大学神学院有一个教师名额的空缺，大阿尔伯特便竭力向多米尼克修会总会会长推荐托马斯上任。
然而，当时的修会总会会长考虑更多的则是巴黎大学学派众多且斗争尖锐激烈，托马斯-阿奎那本人又刚刚毕业，过于年轻，缺乏任教资历，缺乏处世经验，恐怕难以应付，更难以胜任。
照常理，巴黎大学是国际上有名的哲学、神学学术研究中心，不同观点的论争纯属正常。关键是这里人际关系相当复杂、紧张。巴黎大学的教师队伍，原本是以本地教区的神职人员为主，后来，各修会的会士们也逐渐参加进来，这些会士在教师比例上虽然不占优势，可大有后来者居上和喧宾夺主之势。这主要是由于：其一，教皇直接领导修会，到巴黎大学任教的教会会士又是教皇所信任和直接委派的，所以，这里的会士拥有凌驾于本地神职人员之上的优越地位。其二，修会能够广罗人才，培养出较高学历和素质的师资，所以由会士充任的教师在教学能力和水平方面在同行中稍胜一筹。其三，修会物质实力比较雄厚，有条件修建比大学更齐备的书院和宿舍，从而能够吸引更多的学生前往求教，如此等等。这不仅引发了大学与修会之间的矛盾，也造成了大学内部本地区神职人员与会士之间的对抗，这种对抗在大学往往直接表现为争夺教师的职位上。隐修会总会会长通过对现实情况的反复考虑，认为托马斯·阿奎那初出茅庐，没有经验，不敢贸然答应。曾任巴黎大学教授的大阿尔伯特，并不是没有看到以往本地神职教师给会士教师在不断制造麻烦，反对会士教师的情绪还在日益高涨。可是，大阿尔伯特熟知托马斯的才华，相信他的能力，迫切希望他能及早发挥作用。于是，大阿尔伯特便越级向主教陈述自己的意见。在推荐陈述中，他评价托马斯对亚里士多德学说有很深的造诣，说托马斯相信亚里士多德的学说比较接近真理，完全可以为教会所利用。大阿尔伯特从托马斯的学术观点同教会的利害关系加以强调，如果托马斯能够走上讲坛，促使亚里士多德那些大胆而新颖的见解付诸实践，担保对教会有百利而无一害。这位主教曾经与大阿尔伯特共事多年，而且他们在对待亚里士多德学说的问题上又早有共识，于是，他以长者的身份劝说总会会长采纳大阿尔伯特的意见。
不久，托马斯·阿奎那离开科隆，取道法国，赴巴黎大学任教。
3.初登讲坛
1252年夏天，托马斯·阿奎那登上了巴黎大学的讲坛，从此开始了公开宣讲和论述基督教神学和哲学的生涯，先后长达22年。
托马斯·阿奎那是在极其艰难的情况下开讲他的第一堂课的。这主要因为：首先，巴黎大学里头教会内部以及教职人员之间的斗争日趋白热化，尤其突出的是，本地神职人员教师强烈抗议修会会士主持本校的神学讲座。因为在那里，神学是一门最高的学问，主持神学讲座就意味着拥有最高权威。当时巴黎大学所开设的12个神学讲座中，有一半以上已被多米尼克修会、法兰西斯会、奥古斯丁会等所把持，仅多米尼克修会就占据了其中的两个讲座席位。托马斯来到巴黎大学时，正是本地神职人员联合起来罢教抗议，要求收回多米尼克修会两个席位的呼声最为高涨的时候。作为多米尼克修会会士的托马斯，就是在这种剑拔弩张的气氛中跨进学校大门的。其次，学校里的一些奥古斯丁主义者，顽固坚持柏拉图主义，更加起劲地反对亚里士多德的学说，指责亚里士多德的哲学背离了神学传统，危害了宗教信仰。因而千方百计想把亚里士多德的学说挤出校门。初任教师的托马斯，既在那不勒斯受过自由主义思想影响，又在大阿尔伯特老师的指导下，深入研究过亚里士多德哲学，因而他势必被保守派视为异端分子，也必然会在反对者的冷嘲热讽和一片嘘嘘声中登上讲台。
然而，年轻气盛的托马斯·阿奎那，如初生牛犊，毫无畏惧，以其顽强的意志和丰富的斗争经验，恪尽其教书职责。他那和蔼的态度、高超的水平、清晰的阐述、机智灵活和能言善辩的才能，很快赢得了学生们的拥护和尊敬。在讲授的内容上，他思想新颖，应合时兴的哲学新思潮，即一改历来沿用的柏拉图、奥古斯丁主义先验的旧理论，大胆地采用流行的亚里士多德主义，特别是其中的形而上学理论和自然哲学理论，承认客观现实和感性经验，注重理性认识和实验证明，在传统的经院哲学绝对信仰的原则中，注入感性经验和理性思维的理论，给基督教教义作出新的哲学论证。
按巴黎大学当时的规定，托马斯·阿奎那作为学士职位的教师，首先是讲授《圣经》，对《圣经》作了不少注释，而后教授彼得·伦巴德的《箴言录》。
1254年，托马斯·阿奎那开始讲授《箴言录》。《箴言录》共182章，30万字左右，是基督教的一本教义纲要，也是中世纪大学的标准教科书和学生的必修课。为了讲好这一课，他对《箴言录》逐字逐句进行了注释，并加进了大量的论证，阐发了自己的观点，后来汇编成四卷，约200多万字，定名为《彼得·伦巴德<；箴言四书）注释》。这部洋洋大观的巨著，是托马斯早期的一部重要著作，是他教学和著作的开端。在这部巨著中，托马斯所引用的大多还是教会历代的经典著作，引用亚里士多德的言论还不算多，但采纳亚里士多德的论点已是十分明显的了。因而被称为是基督教教义的新型的哲学论证，是忠于宗教信仰和革新实践理论的最早的力作，其手稿存放在梵蒂冈图=抒馆。
事后，曾经是第一位为托马斯·阿奎那作传的陶高在记述中说，罗马教廷在收集材料证明托马斯可以列为圣人时，《彼德·伦巴德（箴言四书）注释》一书所反映的杰出理论是一个重要证据。的确，在1323年罗马教廷正式宣布托马斯为圣人时曾这样评价：“托马斯对任何问题，哪怕是十分复杂和深奥的难题，他都能做到深入浅出清楚地解答，他那渊博的知识、深邃的思想、清晰的论证、新颖的理论，很快使巴黎大学校园里掀起一股有利于教会的新的学术浪潮。”就是到了现代，也不乏对这部著干，三的称赞。现代新托马斯主义者、托马斯著作的权威人士蒙多纳曾宣称：“《彼得·伦巴德（箴言四书）注释》这部著作倾泻出来的杰出理论，其他老师都是无法与之比拟的。这种无与伦比的杰出理论，吸引了许多学生去追求知识。”“像箴言四卷这部注疏，迄今找不到一部可以媲美，它真是空前绝后。”
不过，托马斯·阿奎那本人当时对自己的这部著作并没有很高的评价，他意识到这部著作并不完善，也不是自己成功的代表作，还计划加以修改。被后人公认为托马斯代表作的是他10年后的，与《彼得·伦巴德（箴言四书）注释》的框架和体例基本相同的，内容更为丰富和充实、论证更为条理和系统的，完整体现了托马斯神学和哲学思想体系的《神学大全》。
托马斯·阿奎那在巴黎大学最初执教的日子里，还应多米尼克修会会友之约，撰写了《论实有与本质》和《论自然原理》两篇文章。这两篇文章虽然不长，但是已经反映出托马斯的哲学功底，是他哲学体系的早期杰作，也是他所有著作中独有的两篇纯哲学论述，标志着托马斯的形而上学思想基本定型。这两篇自然哲学短文，从形式上看，似乎是解释亚里士多德“第一哲学”的一些概念、术语，因而被视为学习亚里士多德哲学的通俗的、入门性的小册子。从内容上讲，作者在认真分析形式与质料、实有与：本质等基本概念的基础上，解答的是长期以来哲学界争论不休的形而上学的难题。托马斯是针对当时学者们关于实体与物体、抽象概念与具体存在之间关系的形而上学争论而撰写的，而不是一般的普及型读物。在这篇短文中，他独排众议，力图从可感性时空中的具体而个别的存在为出发点，进而达到最高的“存在本身”，即上帝这种存在与本质同一的“绝对存在者”，从而建立起以“现实存在”为基础的形而上学体系。托马斯断言，存在常常是某一本质的实现，存在之于本质，犹如现实之于潜能，所以存在决不是什么偶然性。由此可见，大阿尔伯特关于“哑牛”的吼叫声将响彻全世界的预言，似乎得到了初步应验。
托马斯·阿奎那虽初登讲坛，但已不像学生时代那样沉默寡言了。他热情启发学生分析和思考，他精神抖擞，手持书卷，旁征博引，侃侃而谈，他尤其习惯于用亚里士多德哲学观点解决疑难问题。初登讲坛的托马斯，一改过去那种笨拙而迟钝的形象，换上思维敏捷、头脑清晰、目光犀利的神态，十足表现为学识广博和见解独到的老师。
初露头角且思想新颖的托马斯·阿奎那，在巴黎大学里引起了极大的轰动：一是青年学生们拥护他、爱戴他，赞誉他是有创新思想的教授；二是来自教会内部的保守派，为了控制巴黎大学这块宣传教育阵地的支配权，极力指责他制造混乱；三是巴黎地区的神职人员出于自身的利益和地利优势，反对、攻击这个外来的多米尼克修会会士；四是法兰西斯会会士们，为了坚持奥古斯丁主义的传统，指责他借用亚里士多德主义，篡改基督教哲学原理，违背基督教基本教义，制造异端邪说，蛊惑人心，损害教会传统思想……在各方势力的联合夹击下，这个崭露锋芒的青年教师，于1254年被撵出巴黎大学的讲坛。